员工没来上班，仅通过发短信通知，一般不能直接认定为请假。这一结论主要基于以下几点法律和实务考量：
公司规章制度的重要性：
- 大多数公司都会制定明确的请假制度，这些制度通常要求员工以书面形式（如请假条）或通过公司指定的电子系统提交请假申请，并获得直接上级或人力资源部门的批准。
- 短信通知往往不符合公司正式请假流程的要求，因为它缺乏正式性和可追溯性，难以作为有效的请假证据。
短信通知的局限性：
- 短信内容可能不够详细，无法充分说明请假的原因、期限以及工作交接等关键信息。
- 短信发送后，没有直接的确认机制来证明公司已经收到并批准了请假申请。
- 在法律纠纷中，短信作为证据的效力相对较弱，因为它容易被篡改或伪造。
未按规定请假的法律后果：
- 如果员工未按照公司规章制度请假而擅自缺勤，公司有权根据内部规定对其进行处理，包括但不限于警告、扣薪、甚至解除劳动合同。
- 在劳动仲裁或诉讼中，如果员工无法提供有效的请假证据，可能会承担不利后果。
建议与措施：
- 员工角度：为了确保请假的有效性，员工应严格按照公司规章制度提交请假申请，并保留好相关证据（如请假条、电子邮件确认等）。如果因特殊情况无法当面提交，也应通过公司指定的电子系统或邮件等方式进行申请，并尽快补办正式手续。
- 公司角度：公司应制定明确的请假制度，并通过培训、公告等方式确保员工了解并遵守。同时，公司也应建立有效的请假审批和记录机制，以便在需要时提供证据。
特殊情况下的考量：
- 如果公司规章制度中明确规定了短信可以作为请假的一种方式，并且员工按照该规定发送了短信且得到了公司的明确回复（如通过短信、邮件或电话确认），那么在这种情况下，短信通知可以被视为有效的请假方式。但这种情况相对较少见，且需要公司有明确的规章制度作为支持。
总结与建议：
- 一般情况下，仅通过发短信通知不能直接认定为请假。员工应遵守公司的请假制度，确保请假的正式性和有效性。
- 如果遇到特殊情况或对公司请假制度有疑问，建议及时与公司人力资源部门沟通并寻求指导。
- 如有任何劳动法律方面的问题或疑虑，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。