针对您提出的“应届生上班不到3个月就辞职，用人单位该怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，应届生与用人单位之间的关系主要受到《劳动合同法》的规范。当应届生入职后不久就提出辞职时，用人单位的处理方式应当遵循相关法律法规。

一、关于辞职流程

1. 试用期规定：如果应届生仍处于试用期内（通常为劳动合同期限的1/3，且不超过6个月），根据《劳动合同法》的规定，他们只需提前三日通知用人单位即可解除劳动合同。

2. 正式员工规定：如果应届生已经过了试用期，成为正式员工，那么他们需要提前三十日以书面形式通知用人单位才能解除劳动合同。

二、用人单位应对措施

1. 要求办理工作交接：无论应届生是处于试用期还是正式员工阶段，用人单位都有权要求他们在离职前办理好工作交接手续，以确保公司业务的连续性和稳定性。

2. 出具离职证明：根据《劳动合同法》的规定，用人单位在解除或终止劳动合同时，应当出具解除或终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。

3. 追偿经济损失：如果应届生的突然离职给用人单位造成了经济损失（如招聘成本、培训成本、业务中断等），用人单位有权要求他们承担相应的赔偿责任。但需要注意的是，用人单位必须保留好相关证据材料，证明应届生的违法行为与企业的损失具有因果关系，且相关损失具有合理性、明确性。

三、关于三方协议和违约金

1. 三方协议终止：应届生凭就业报到证到单位报到、用人单位正式接收后，三方协议（即《全国普通高等学校毕业生就业协议书》）自行终止。因此，即使三方协议中约定了违约金，应届生入职后辞职也无需承担。

2. 劳动合同约定：如果劳动合同中有关于违约金的约定，且该约定符合法律法规的规定（如服务期协议、竞业限制协议等），那么应届生在违反这些约定时可能需要承担相应的违约责任。但这种情况并不常见于短期内的辞职行为。

四、建议与总结

1. 完善规章制度：用人单位应当制定完善的规章制度，明确员工离职的流程、责任和义务，以及违反规定的处理措施。

2. 加强沟通与引导：在应届生入职初期，用人单位应当加强与他们的沟通和引导，帮助他们更好地了解公司文化、业务和职业规划，减少因不适应而离职的可能性。

3. 依法处理：当应届生提出辞职时，用人单位应当依法处理，既要保障公司的合法权益，也要尊重应届生的个人选择和发展。

综上所述，当应届生上班不到3个月就辞职时，用人单位应当遵循相关法律法规，要求他们办理好工作交接手续、出具离职证明，并在必要时追偿经济损失。同时，用人单位也应当加强自身的规章制度建设和员工沟通引导工作，以减少类似情况的发生。