当公司不承认员工接触有害因素且疑是职业病时，员工应采取以下系统性的步骤来维护自己的合法权益：

1. 申请职业病诊断

   • 选择诊断机构：员工应前往用人单位所在地、本人户籍所在地或经常居住地的依法承担职业病诊断的医疗卫生机构进行诊断。这些机构需具备相应资质，可通过当地卫生健康部门官方网站查询。
   • 准备材料：包括职业史和职业病危害接触史（在岗时间、工种、岗位等）、职业健康监护档案复印件、职业健康检查结果、工作场所职业病危害因素检测结果等。若为职业性放射性疾病，还需个人剂量监测档案等资料。用人单位有责任提供相关资料，若不配合，诊断机构可提请安全生产监督管理部门督促。
   • 进行诊断：诊断机构会依据国家职业病诊断标准，结合劳动者情况作出诊断结论。若诊断为职业病，会出具职业病诊断证明书。

2. 要求单位履行义务

   • 告知诊断结果：员工应及时将职业病诊断证明书告知用人单位，并要求用人单位在接到诊断证明书后30日内向社会保险行政部门提出工伤认定申请。
   • 督促单位配合：单位需配合员工进行工伤认定、劳动能力鉴定等工作，并承担相应费用。若单位不配合，员工可进一步采取法律措施。

3. 申请工伤认定

   • 单位不申请时的处理：若用人单位未在规定时限内提交工伤认定申请，相关费用由用人单位负担。员工或其近亲属、工会组织可在职业病诊断证明书出具之日起1年内直接向社会保险行政部门提出申请。
   • 提交材料：包括工伤认定申请表、与用人单位存在劳动关系的证明材料（如劳动合同、工资发放记录等）、职业病诊断证明书（或鉴定书）。
   • 调查核实：社会保险行政部门会对申请进行调查核实，相关方需配合提供情况和证明材料。

4. 进行劳动能力鉴定

   • 申请鉴定：经治疗伤情相对稳定后存在残疾、影响劳动能力的，或停工留薪期满，员工应向市级劳动能力鉴定委员会提出鉴定申请。
   • 鉴定程序：劳动能力鉴定委员会会随机抽取专家组成专家组进行鉴定，并根据专家组意见作出鉴定结论。必要时，可委托医疗机构协助诊断。

5. 申请复检或鉴定（如有异议）

   • 若对职业病诊断结论有异议，员工可在规定时间内向相关部门或指定医院申请复检或鉴定。复检或鉴定程序应按照《职业病诊断与鉴定管理办法》执行。

6. 通过法律途径维权

   • 劳动仲裁：若单位仍不承认职业病或不履行责任，员工可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，并提供职业病诊断证明书、工伤认定决定书、劳动能力鉴定结论书等相关证据。
   • 诉讼：若对仲裁结果不满意或单位不执行仲裁裁决，员工可向人民法院提起诉讼。人民法院会依法审理并作出判决，员工可申请强制执行以保障权益。

法律依据：

• 《中华人民共和国职业病防治法》规定了职业病的认定和赔偿程序，员工有权要求用人单位提供职业病诊断所需资料，并享受相应的工伤保险待遇。
• 《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》和《中华人民共和国民事诉讼法》提供了法律救济途径，员工可通过劳动仲裁或诉讼来维护自己的合法权益。

其他建议：

• 在整个过程中，员工应保留好所有与职业病相关的证据材料，如工作记录、健康检查报告、诊断证明书等。
• 若遇到法律难题或需要进一步的法律帮助，员工可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议和指导。

通过上述步骤，员工可以系统地维护自己在职业病方面的合法权益，确保得到应有的认定和赔偿。