公司可以按照正常流程处理员工因怀孕主动提出的离职，但需确保流程合法合规，避免潜在法律风险。以下从不同角度为您详细分析：
一、员工主动辞职的合法性
根据《劳动合同法》第三十七条，劳动者提前30日（试用期提前3日）书面通知用人单位即可解除劳动合同。若怀孕员工自愿提出离职且手续完备，公司原则上可依法办理。这意味着，只要员工按照法定程序提出离职，公司就有权按照正常流程处理。
二、特殊保护期的注意事项
禁止强制辞退或变相施压：依据《劳动法》第二十九条及《女职工劳动保护特别规定》，孕期、产期、哺乳期女职工不得被无过失性辞退或经济性裁员。公司需核查离职是否为员工真实意愿，避免涉嫌违法解除。例如，公司不能因员工怀孕而降低其工资、辞退或以其他方式迫使员工离职。
协商优先原则：建议与员工沟通了解其真实需求（如调整岗位、远程办公等），在合理范围内提供支持，减少不必要的离职。这有助于维护良好的劳动关系，同时体现公司对女性职工的关怀。
三、离职流程的合规要点
书面确认离职性质：要求员工提交明确标注“个人原因”的辞职信，避免后续争议。这有助于明确离职的责任和原因，减少不必要的法律纠纷。
结清权益与证明：及时结算工资、经济补偿金（如有）、开具离职证明，并办理社保公积金减员。这是公司应尽的义务，也是保障员工权益的重要措施。
保留证据链：全程留存沟通记录、文件签署凭证，防范法律纠纷。这有助于在发生争议时提供有力的证据支持。
四、风险防范建议
核查离职意愿：若怀疑存在被迫离职情形（如隐性压力、不合理调岗），应暂停流程并启动内部调查。这有助于及时发现并纠正不当行为，避免法律风险。
专项审核：对涉及三期女职工的离职申请，建议法务或HR部门专项审核，确保程序无瑕疵。这有助于确保离职流程的合法性和合规性。
行动建议：
公司层面：在处理怀孕员工离职时，务必遵循法定程序，确保流程合法合规。同时，加强与员工的沟通，了解其真实需求，提供必要的支持和帮助。
员工层面：在决定离职前，应充分了解相关权益和可能带来的后果。如有需要，可及时咨询我以获取法律帮助和支持。
作为专业律师，我提醒您，在处理劳动工伤相关问题时，务必谨慎对待每一个环节，确保自身权益不受损害。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。