旷工三天扣除绩效奖和年终奖是否合理，需结合具体情况判断，一般而言，仅因旷工三天就扣除绩效奖和年终奖可能存在不合理性。以下从不同角度进行分析：
合法情形
规章制度明确且合法：
- 若用人单位的规章制度中明确规定了旷工与绩效奖金、年终奖扣除的关系，且该规章制度经过民主程序制定（如职工代表大会讨论通过），并向劳动者公示或告知，同时扣除标准合理，不违背法律法规，则扣除行为可能合法。
- 示例：公司《员工手册》规定，旷工三天扣除当月绩效奖金的50%，且年终奖根据全年出勤情况发放，旷工超过三天则扣除部分年终奖。若该手册经民主程序制定，员工入职时学习并签字确认，则此扣除行为可能合法。
劳动合同有明确约定：
- 若劳动合同中明确约定了旷工与绩效奖金、年终奖的关联，如“乙方旷工超过三天的，甲方有权扣除当月绩效奖金及部分年终奖”，则在劳动者旷工三天时，用人单位按约定扣除可能合法。
不合法情形
规章制度不合法或未公示：
- 若用人单位没有明确的规章制度规定旷工扣绩效奖金和年终奖，或虽有规定但显失公平（如旷工三天就扣除全部绩效奖金和年终奖），或规章制度的制定没有经过民主程序或未向劳动者公示，则用人单位以此为由扣除可能不合法。
- 示例：公司临时出台规定，旷工三天扣除当月全部绩效奖金和年终奖，未经职工代表大会讨论，也未公示或告知员工，此规定对劳动者不具约束力，扣除行为可能不合法。
恶意克扣或损害基本权益：
- 扣除绩效奖金和年终奖后，若劳动者的工资低于当地最低工资标准，或扣除行为明显超出旷工对工作造成的实际影响，属于恶意克扣，可能不合法。
- 示例：员工旷工三天，公司却扣除当月全部绩效奖金和年终奖，且扣除后工资低于最低工资标准，属于恶意克扣，不合法。
绩效奖金与基本工资的区分：
- 绩效奖金是基于劳动者绩效任务完成情况的奖励，若劳动者完成了绩效任务，用人单位不应无故扣除。旷工通常应扣的是基本工资部分，而非绩效奖金和年终奖。
法律建议
- 审查规章制度：劳动者应仔细审查用人单位的规章制度，确认其中是否有关于旷工扣绩效奖金和年终奖的规定，以及这些规定是否合法、合理。
- 核对劳动合同：检查劳动合同中是否有关于旷工与绩效奖金、年终奖的明确约定。
- 协商与投诉：若认为用人单位的扣除行为不合法，可首先与用人单位协商沟通，尝试解决争议。协商不成的，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
法律依据
- 《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 《工资支付暂行规定》第十六条：因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
综上所述，旷工三天扣除绩效奖和年终奖的合法性需基于用人单位的规章制度、劳动合同约定以及扣除行为是否损害劳动者基本权益等多个因素进行综合判断。劳动者在面临此类问题时，应了解自己的权益和维权途径，确保自身合法权益不受侵害。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。