结论：旷工半天扣除全部绩效是否合法，需结合具体情况判断，包括公司规章制度、劳动合同约定以及旷工行为对公司的实际影响等。以下从不同角度进行分析：
一、公司规章制度与劳动合同的约定
规章制度合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。
- 若公司规章制度中明确规定了旷工半天扣除全部绩效的条款，且该规章制度已经过民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论）、公示或告知劳动者，则该条款在法律上具有一定的效力。
劳动合同约定：
- 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。
- 若劳动合同中明确约定了旷工半天扣除全部绩效的条款，且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，也不存在欺诈、胁迫或乘人之危等情形，则该条款对双方均具有约束力。
二、旷工行为对公司的实际影响
经济损失：
- 旷工半天可能导致公司生产线停滞、客户订单延误等经济损失。
- 若扣除全部绩效能够合理弥补公司因旷工行为所遭受的经济损失，则该扣除行为可能被视为合法。
管理秩序：
- 旷工行为破坏了公司的正常管理秩序，影响了其他员工的劳动积极性和工作效率。
- 公司通过扣除绩效的方式对旷工行为进行惩戒，以维护管理秩序和劳动纪律，该行为在合理范围内可能被视为合法。
三、合理性判断
比例原则：
- 扣除全部绩效应与旷工行为的严重程度相适应。若旷工半天即扣除全部绩效，可能显得过于严厉，不符合比例原则。
- 合理的扣除比例应考虑旷工时间、对公司的影响程度以及劳动者的经济承受能力等因素。
公平原则：
- 公司对旷工行为的惩戒应公平、公正，避免对特定劳动者进行不合理的歧视或处罚。
- 若公司对所有旷工行为均采取扣除全部绩效的惩戒措施，且该措施对所有劳动者均一视同仁，则可能更符合公平原则。
四、建议与风险提示
建议：
- 劳动者在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于旷工和绩效扣除的条款，确保自己了解并同意相关内容。
- 若公司规章制度或劳动合同中存在不合理的旷工惩戒条款，劳动者有权提出异议并要求修改。
- 发生旷工行为后，劳动者应积极与公司沟通，解释原因并寻求妥善解决方案，避免不必要的法律纠纷。
风险提示：
- 若公司规章制度或劳动合同中的旷工惩戒条款违反法律、行政法规的强制性规定或存在欺诈、胁迫等情形，劳动者有权向劳动争议仲裁委员会或人民法院申请撤销或变更相关条款。
- 若公司因旷工行为扣除劳动者全部绩效且该行为被认定为不合法，劳动者有权要求公司补发被扣除的绩效并可能获得相应的经济补偿。
总结：旷工半天扣除全部绩效是否合法，需结合公司规章制度、劳动合同约定以及旷工行为对公司的实际影响等因素进行综合判断。若您对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。