结论：旷工一天扣发当月全部工资，包括岗位绩效和基础绩效奖，这种做法通常是不合法的。以下从多个角度进行分析：
一、法律依据与合理性分析
法律层面：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。绩效作为工资的组成部分，同样受到法律保护。旷工虽然违反了公司规章制度，但处罚应合理且符合法律法规，直接扣除全部工资（包括绩效）可能构成对劳动者权益的侵犯。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第三条也强调，订立劳动合同应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。依法订立的劳动合同具有约束力，用人单位与劳动者应当履行劳动合同约定的义务。若劳动合同中未明确约定旷工可扣除全部工资，则用人单位的做法缺乏法律依据。
合理性考量：
- 绩效是员工工作表现的综合评价，通常与员工的工作成果、工作态度、团队协作等多方面因素相关。旷工一天虽然违反了公司规定，但并不能完全否定员工在其他方面的努力和贡献。
- 扣除全部工资（包括绩效）的处罚过于严厉，缺乏合理性和公平性，可能引发员工的抵触情绪，影响团队氛围和工作效率。
二、实际操作中的建议与限制
明确规章制度：
- 公司应在规章制度中明确规定旷工的处罚措施，确保处罚有章可循。同时，处罚措施应合理、适度，避免过度惩罚。例如，可以规定旷工一天扣除一定比例的绩效奖金，而非全部。
沟通与协商：
- 在处理旷工问题时，公司应与员工进行充分沟通，了解旷工原因，并尝试通过协商解决问题。对于初次旷工或情节较轻的员工，可以采取警告、罚款等较轻的处罚措施。
建立申诉机制：
- 为保障员工的合法权益，公司应建立申诉机制，允许员工对不合理的处罚提出异议。在接到申诉后，公司应及时进行调查和处理，确保处罚的公正性和合理性。
不得克扣基本工资：
- 无论何种情况，用人单位都不得克扣劳动者的基本工资。基本工资是劳动者的法定收入，是保障其基本生活的底线。旷工时，用人单位仅能扣除与旷工行为直接相关的绩效奖金等浮动部分。
三、可能的法律后果与维权建议
法律后果：
- 如果用人单位无故克扣劳动者工资，包括绩效部分，劳动者有权向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。用人单位可能面临支付被克扣工资、加付赔偿金等法律责任。
维权建议：
- 若劳动者认为用人单位扣除工资的行为不合法，可首先与用人单位协商沟通，尝试解决争议。
- 协商不成的，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在申请劳动仲裁时，劳动者应提供相关证据，如劳动合同、工资条、考勤记录等，以证明用人单位的违法行为。
总结：旷工一天扣发当月全部工资（包括岗位绩效和基础绩效奖）的做法通常是不合法的。用人单位在制定规章制度和处罚措施时，应遵循法律法规和公平合理的原则，确保劳动者的合法权益不受侵害。劳动者在面对此类问题时，也应了解自己的权益和维权途径，及时采取措施维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。