结论前置：
- 旷工一天扣两天工资的做法通常是不合法的，因为它违反了《劳动法》及相关法规中关于不得无故克扣或拖欠劳动者工资的规定。
- 在特定情况下，如规章制度合法且合理，并明确规定了旷工的扣罚方式，且该方式未超出合理范围，可能被视为合法，但这种情况较为少见，且需严格符合法律程序。
详细分析：
法律依据与劳动者权益
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一规定明确保障了劳动者的工资权益，禁止用人单位无理由扣减工资。
- 旷工一天，劳动者仅当天未提供劳动，因此用人单位最多只能不支付当天的工资。扣除两天工资的做法超出了合理范围，侵害了劳动者获取劳动报酬的权益。
规章制度的有效性
- 用人单位有权根据自身的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平，并通过规章制度对员工的考勤等进行管理。
- 但这些规章制度必须符合法律规定，经过民主程序制定（如与工会或职工代表平等协商确定），并向劳动者明确公示告知。如果规章制度未经这些程序，或内容违反法律规定，那么该规定对劳动者不具有法律效力。
- 即便规章制度中规定了旷工一天扣两天工资，如果这一规定被认定为不合理、不公正，那么在劳动争议发生时，很可能被劳动仲裁机构或法院认定为无效条款。
经济损失与赔偿
- 如果劳动者旷工的行为给用人单位造成了实际经济损失，用人单位可以要求劳动者赔偿损失。
- 但这种赔偿应当基于实际损失的合理计算，并提供相应的证据支持，而不是简单地以扣两天工资这种明显不合理的方式进行。
合法合理的处理方式
- 对于劳动者的旷工行为，用人单位应当依据公司的规章制度或劳动合同约定进行处理。
- 处理方式可以包括给予警告、记过、扣减绩效考核分数、扣减奖金等，但这些处理方式都应当在合法、合理、公正的范围内进行，不能违反国家法律法规的规定。
劳动者的维权途径
- 如果劳动者认为用人单位的处理方式不合法或不合理，可以与用人单位协商解决。
- 协商不成的，劳动者可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在必要时，还可以依法提起诉讼。
具体建议：
- 对于劳动者：如果遇到旷工一天扣两天工资的情况，首先应查看公司的规章制度和劳动合同，确认是否有相关规定。如果认为规定不合法或不合理，可以与用人单位协商，协商不成可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 对于用人单位：在制定规章制度时，应确保规定的合理性、公平性，并充分考虑到员工的权益和感受。扣罚方式不应过分严厉，以免构成对劳动者劳动报酬权利的侵犯。同时，应确保规章制度的制定程序合法，并向劳动者明确公示告知。
总结：旷工一天扣两天工资的做法通常是不合法的，因为它违反了法律关于保护劳动者劳动报酬权益的规定。用人单位在处理员工旷工问题时，应当遵循合法、合理、公正的原则，并尊重劳动者的合法权益。劳动者在遇到这种情况时，也应积极维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。