旷工两天扣除全部绩效通常是不合理的，以下从多个方面进行分析：
一、法律依据与合理性分析
法律层面：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。绩效作为工资的组成部分，同样受到法律保护。
- 旷工属于违反公司规章制度的行为，但处罚应合理且符合法律法规。直接扣除全部绩效可能构成对劳动者权益的侵犯，因为这相当于无故克扣了劳动者的工资。
合理性考量：
- 绩效是员工工作表现的综合评价，通常与员工的工作成果、工作态度、团队协作等多方面因素相关。旷工两天虽然违反了公司规定，但并不能完全否定员工在其他方面的努力和贡献。
- 扣除全部绩效的处罚过于严厉，缺乏合理性和公平性。这种处罚方式可能引发员工的抵触情绪，影响团队氛围和工作效率。
二、实际操作中的建议
明确规章制度：
- 公司应在规章制度中明确规定旷工的处罚措施，确保处罚有章可循。同时，处罚措施应合理、适度，避免过度惩罚。例如，可以规定旷工一天扣除一定比例的绩效，旷工两天则扣除更高比例，但不应直接扣除全部绩效。
沟通与协商：
- 在处理旷工问题时，公司应与员工进行充分沟通，了解旷工原因，并尝试通过协商解决问题。对于初次旷工或情节较轻的员工，可以采取警告、罚款等较轻的处罚措施。
建立申诉机制：
- 为保障员工的合法权益，公司应建立申诉机制，允许员工对不合理的处罚提出异议。在接到申诉后，公司应及时进行调查和处理，确保处罚的公正性和合理性。
考虑替代方案：
- 除了扣除绩效外，公司还可以采取其他方式处理旷工问题，如要求员工补班、进行思想教育、调整工作岗位等。这些方式既能够维护公司的正常运营秩序，又能够体现对员工的人文关怀。
三、可能的法律后果
如果公司无故扣除员工全部绩效，员工有权向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。根据《劳动保障监察条例》第二十六条的规定，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资报酬的，由劳动保障行政部门责令限期支付劳动者的工资报酬，并可能面临加付赔偿金的处罚。
总结与建议：
旷工两天扣除全部绩效的做法通常是不合理且可能违法的。公司应依法制定合理的规章制度，并在处理旷工问题时与员工进行充分沟通和协商。员工也应了解自己的合法权益，并在权益受损时采取适当的措施进行维权。如果你或你身边的人遇到了类似的问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供更详细的法律建议。