职工请假按全额工资扣而加班按基本工资计算的做法，通常是不合法的。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律依据与加班工资计算
根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条，用人单位安排劳动者延长工作时间或在休息日、法定节假日工作的，应支付高于正常工作时间工资的报酬。具体标准如下：
- 工作日加班：支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬。
- 休息日加班：又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。
- 法定节假日加班：支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
关键点：加班工资的计算基数应为劳动者的实际工资，这包括基本工资、奖金、津贴等全部工资性收入，而非仅按基本工资计算。
二、请假扣款的合法性
用人单位在扣除员工工资时，必须遵守相关法律法规，不得随意克扣或无故拖欠。请假扣款应基于合理的规章制度和劳动合同约定，且扣款金额不得超过法定标准。以工资总额为基数进行请假扣款，可能导致员工因一次请假而损失大量收入，这种做法显失公平，且可能违反法律规定。
三、具体法律条款解读
- 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：用人单位应按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这包括加班工资和请假期间的工资处理。
- 劳动部《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第五十三条：劳动法中的“工资”是指用人单位依据国家有关规定或劳动合同的约定，以货币形式直接支付给本单位劳动者的劳动报酬，一般包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、延长工作时间的工资报酬以及特殊情况下支付的工资等。
四、实际影响与风险
对员工的影响：
- 加班按基本工资计算，导致员工加班所得远低于应得报酬，损害其经济利益。
- 请假按工资总额扣减，增加员工请假成本，可能抑制其合理休假需求。
对用人单位的风险：
- 此类做法可能引发劳动争议，增加法律风险。
- 长期实施可能降低员工满意度和忠诚度，影响企业稳定发展。
五、合规建议
明确工资构成与计算方式：
- 在劳动合同中清晰界定工资构成及加班工资计算基数。
- 确保加班工资包含基本工资、奖金、津贴等全部工资性收入。
规范请假扣款制度：
- 制定符合法律规定的请假扣款规则，避免过度扣款。
- 明确扣款依据为缺勤时间对应的工资部分，而非全额工资。
加强沟通与培训：
- 向员工解释薪酬制度和请假政策，减少误解。
- 定期开展合规培训，提升管理层法律意识。
总结：职工请假按全额工资扣而加班按基本工资计算的做法，违反了我国劳动法律法规的规定。用人单位应遵守相关法律法规，确保加班工资和请假扣款的合法性和合理性。如果您遇到此类问题，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律建议。