请假按工资总额扣工资是否合法，取决于具体情况和公司的规章制度。以下是对此问题的详细分析：

合法情况

1. 依据明确约定扣除：

   • 如果劳动合同或单位依法制定并公示的规章制度中，对请假与工资的扣罚有合理且明确的规定，并且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么单位可以依据这些规定按工资总额扣除相应工资。
   • 但扣除的金额应合理，且扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。

2. 请假影响工作完成：

   • 当员工请假导致其无法完成既定的工作任务或目标，进而对公司整体运营产生实质性影响时，单位可以依据实际情况扣减工资，但扣减的方式和金额应合理且明确。

不合法情况

1. 规章制度未经法定程序：

   • 如果单位在制定关于劳动报酬、工作时间等直接涉及劳动者切身利益的规章制度时，未经职工代表大会或全体职工讨论，未与工会或职工代表平等协商确定，或未进行公示或告知劳动者，那么相关扣工资的规定可能无效。

2. 扣除金额不合理：

   • 如果扣罚的工资金额过高，导致劳动者的实际工资收入远低于当地最低工资标准，或严重影响劳动者基本生活，这种扣罚可能被认定为不合法。

3. 违反法律法规：

   • 如果单位的扣工资行为违反了《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规的强制性规定，那么这种扣工资行为是不合法的。

特殊情况

1. 特定假期不得扣工资：

   • 员工在享受带薪年休假、婚假、产假、陪产假、丧假等法定假期时，单位不得随意以请假为由扣工资。
   • 这些假期是法律赋予劳动者的基本权益，单位应保障员工在这些假期期间的工资待遇。

2. 病假特殊情况：

   • 员工在病假期间，虽然可能享有病假工资或疾病救济费，但由于未实际工作，单位可以依据规章制度扣除相应的工资，但扣除后的工资水平不得低于当地最低工资标准的80%。

综上所述，请假按工资总额扣工资是否合法，需要综合考虑多种因素。单位应确保规章制度的合法性及合理性，遵守相关法律法规和劳动合同的约定，并保障员工的合法权益。如果您在此方面遇到任何问题或疑问，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律帮助。