用人单位未经劳动保障部门批准，擅自实行综合计算工时的不定时工作制的，将面临劳动保障部门的处罚，具体包括责令支付延长工作时间的工资、补办审批手续，以及可能处以5000元以上1万元以下的罚款。以下是对此问题的详细分析：
一、主要处罚措施
责令支付延长工作时间的工资：
- 劳动保障部门有权责令用人单位向劳动者支付因擅自实行综合计算工时或不定时工作制而产生的延长工作时间的工资。这是对劳动者额外劳动的一种补偿，确保劳动者的合法权益不受侵害。
补办审批手续：
- 用人单位需要尽快补办综合计算工时或不定时工作制的审批手续。这是合法实行特殊工时制度的前提，也是避免进一步法律风险的关键步骤。
罚款：
- 若用人单位拒不执行上述改正要求或未按时补办审批手续，劳动保障部门将对其处以罚款。根据《内蒙古自治区劳动者工资保障规定》，罚款金额通常为5000元以上1万元以下。这一处罚措施旨在惩罚用人单位的违规行为，并促使其遵守相关法律法规。
二、处罚的法律依据
- 《内蒙古自治区劳动者工资保障规定》：
- 该规定第三十三条明确指出，用人单位未经劳动保障部门批准，擅自实行综合计算工时和不定时工作制的，由劳动保障部门责令其向劳动者支付延长工作时间的工资，并补办审批手续。拒不执行的，处以5000元以上1万元以下罚款。这一条款为劳动保障部门对违规用人单位进行处罚提供了明确的法律依据。
三、用人单位的应对建议
立即停止违规行为：
- 用人单位在得知自身存在违规行为后，应立即停止擅自实行综合计算工时或不定时工作制，并恢复按照标准工时制度工作或重新依法申请并获批后再实施特殊工时制度。
积极补办审批手续：
- 用人单位应尽快与劳动保障部门联系，了解补办审批手续的具体流程和要求，并积极配合完成相关手续。这是避免进一步法律风险的关键步骤。
加强内部管理：
- 用人单位应加强对工时制度的管理和监督，确保所有工时制度的实行都符合相关法律法规的要求。同时，应加强对劳动者的培训和宣传，提高劳动者对工时制度的认识和遵守意识。
四、劳动者的权利与救济途径
- 劳动者在面临用人单位未经批准擅自实行综合计算工时或不定时工作制的情况时，有权要求企业按照法律规定支付加班费或经济补偿。
- 如果劳动者与用人单位因此产生劳动争议，劳动者可以通过申请劳动仲裁或提起诉讼的方式来维护自己的合法权益。
作为康鹏程律师，我建议用人单位在制定和实行工时制度时，务必咨询专业法律人士，确保制度的合法性与合规性。同时，劳动者也应了解自己的权益，并在权益受到侵害时及时寻求法律救济。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询。