不定时工作制未经劳动部门批准的，主要后果是该工作制可能被认定为无效，用人单位需按照标准工时制支付劳动者加班费，并可能面临劳动行政部门的处罚。以下从不同角度详细分析：
一、不定时工作制未经批准的效力问题
不定时工作制是一种特殊的工作制度，它允许劳动者根据工作需要，自主安排工作时间，不受固定工时限制。然而，根据我国相关法律法规，不定时工作制的实施必须经过劳动行政部门的批准。如果用人单位未经批准擅自实行不定时工作制，那么该工作制在法律上可能被视为无效。这意味着，用人单位不能简单地以实行不定时工作制为由，拒绝支付劳动者加班费或进行其他相关权益的调整。
二、加班费支付问题
在不定时工作制未经批准的情况下，如果劳动者的工作时间超过了法定标准工时（即每日8小时，每周40小时），那么用人单位应当按照标准工时制的规定，支付劳动者加班费。加班费的计算方式通常为：工作日加班支付不低于工资的150%的工资报酬；休息日加班又不能安排补休的，支付不低于工资的200%的工资报酬；法定休假日加班的，支付不低于工资的300%的工资报酬。
三、劳动行政部门的处罚
除了需要支付加班费外，用人单位还可能面临劳动行政部门的处罚。根据《劳动保障监察条例》等相关法律法规，劳动行政部门有权对用人单位的劳动用工行为进行监督检查，并对违法行为进行处罚。如果用人单位未经批准擅自实行不定时工作制，劳动行政部门可以责令其改正，并可能处以罚款等行政处罚。
四、实际案例与风险提示
在实际操作中，已经有多起因不定时工作制未经批准而引发的劳动争议案件。这些案件中，劳动者往往通过法律途径维护自己的合法权益，要求用人单位支付加班费并承担其他法律责任。因此，用人单位应当严格遵守相关法律法规，确保不定时工作制的实施经过劳动行政部门的批准，以避免不必要的法律风险和经济损失。
五、建议与措施
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