结论前置：是否值得为五千元的工伤赔偿差额申请仲裁，需结合差额占比、维权成本、证据充分性及个人情况综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

1. 从赔偿差额占比角度分析

• 若五千元占应得赔偿比例较高（如超过总赔偿额的20%以上），则差额可能显著影响您的权益，此时申请仲裁具有合理性。因为工伤赔偿旨在弥补您的损失，差额过大意味着您未获得应有的补偿。
• 若五千元占比较小（如仅占总赔偿额的10%以下），则需考虑维权成本与收益的平衡。此时，您可能需要权衡仲裁所需的时间、精力与可能获得的赔偿差额。

2. 从维权成本角度分析

• 时间成本：仲裁程序通常需要数月时间，包括提交申请、等待受理、开庭审理及裁决等环节。若您时间充裕，且对赔偿差额较为在意，则可以考虑申请仲裁。
• 经济成本：虽然仲裁本身不收取费用（或费用较低），但您可能需要支付律师费、交通费等额外支出。若差额较小，而维权成本较高，则可能得不偿失。
• 精力成本：仲裁过程可能涉及多次开庭、提交证据等，需要您投入一定的精力。若您对此感到困扰，或认为差额不足以支撑您投入如此多的精力，则可以考虑放弃仲裁。

3. 从证据充分性角度分析

• 证据充分：若您能提供充分的证据证明工伤事实及赔偿差额（如医疗记录、工资单、工伤认定书等），则申请仲裁的成功率较高。此时，为五千元差额申请仲裁是合理的。
• 证据不足：若您无法提供充分的证据支持您的主张，则仲裁可能面临败诉风险。此时，您需要谨慎考虑是否申请仲裁，以免浪费时间和精力。

4. 从个人情况角度分析

• 经济状况：若您经济状况较好，五千元差额对您影响不大，则可能无需申请仲裁。反之，若您经济状况紧张，五千元可能对您有较大帮助，则可以考虑申请仲裁。
• 心理需求：若您对公平正义有较高追求，认为即使差额较小也应维护自身权益，则申请仲裁是符合您心理需求的。

法律建议

• 评估差额占比：首先计算五千元差额占应得赔偿的比例，以判断差额是否显著。
• 考虑维权成本：结合自身时间、经济及精力状况，评估维权成本是否可接受。
• 收集证据：若决定申请仲裁，务必提前收集并整理好相关证据。
• 咨询专业意见：在做出决定前，您可以向我进一步咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。

示例说明：假设您应得工伤赔偿总额为三万元，而实际获得赔偿为二万五千元，差额五千元占比约16.7%。此时，若您时间充裕、证据充分且对差额较为在意，则可以考虑申请仲裁。反之，若您应得赔偿总额为十万元，差额五千元仅占5%，则可能需谨慎考虑是否申请仲裁。

最终提醒：是否申请仲裁需根据您的具体情况综合判断。若您对此仍有疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。