结论：这种情况一般可以申请劳动仲裁，但能否成功维权取决于具体证据和法律适用。以下从不同角度展开分析：

1. 劳动关系认定是关键

根据《劳动争议调解仲裁法》及《关于确立劳动关系有关事项的通知》，劳动关系认定需结合劳动合同签订主体、工资发放主体、社保缴纳主体、实际用工管理等因素综合判断。

• 若子公司实际用工（如考勤、工作安排、考核等由子公司管理），但社保由总公司缴纳、工资由子公司发放，可能被认定为与子公司存在劳动关系。此时若发生争议（如未缴社保、拖欠工资），应以子公司为被申请人申请仲裁。
  
• 若总公司与子公司混同用工（如劳动合同与总公司签订，但实际在子公司工作，且总公司、子公司未明确区分管理职责），可能被认定为与总公司、子公司存在共同劳动关系，仲裁时可同时列为被申请人。

2. 社保缴纳与工资发放主体不一致的法律风险

• 社保缴纳义务：根据《社会保险法》，用人单位必须为员工缴纳社保，缴纳主体应与劳动合同主体一致。若总公司未与员工签订劳动合同，却代缴社保，可能涉嫌“未依法缴纳社保”，员工可要求补缴或主张经济补偿。
  
• 工资发放义务：根据《工资支付暂行规定》，工资应由用工单位支付。若子公司未与员工签订劳动合同，却发放工资，可能被认定为“实际用工单位”，需承担工资支付责任。

3. 仲裁策略建议

• 第一步：固定证据
  需收集以下证据证明劳动关系：

  • 劳动合同（若与总公司签订，需证明实际在子公司工作）；
    
  • 工资发放记录（子公司转账记录、工资条等）；
    
  • 社保缴纳记录（显示总公司为缴纳主体）；
    
  • 工作证、考勤记录、工作邮件等证明实际用工的证据。
    

• 第二步：确定被申请人
  根据证据指向，可选择以下方式：

  1. 若主张与子公司存在劳动关系：以子公司为被申请人，要求支付工资、经济补偿等；
     
  2. 若主张总公司未依法缴纳社保：以总公司为被申请人，要求补缴社保；
     
  3. 若总公司、子公司混同用工：将两者列为共同被申请人，要求承担连带责任。

4. 典型案例参考

• 案例1：员工与总公司签订劳动合同，但实际在子公司工作，社保由总公司缴纳，工资由子公司发放。法院认定子公司为实际用工单位，判决子公司支付工资及经济补偿，总公司承担连带责任。
  
• 案例2：员工未签订劳动合同，但社保由总公司缴纳、工资由子公司发放，且无证据证明实际用工关系。仲裁委以“无法证明劳动关系”为由驳回申请。

总结：社保由总公司缴纳、工资由子公司发放的情况，可以申请劳动仲裁，但需通过证据明确劳动关系主体。建议先梳理劳动合同、工资、社保、实际用工等证据，再确定仲裁策略。如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我会结合证据为您制定维权方案。