结论前置：针对您被老板要求写结清协议但实际扣了几千元工资的情况，您可以通过协商、投诉或法律途径来要回被扣的工钱。
一、协商解决
与老板沟通：
- 首先，您可以尝试与老板进行坦诚的沟通，明确指出您被扣的工资数额，并询问扣款的原因。
- 如果扣款是因为某些误解或错误，您可以要求老板进行更正并补发工资。
- 在沟通过程中，保持冷静和理性，避免情绪化的争执，以便更好地解决问题。
查看结清协议内容：
- 仔细阅读结清协议的内容，确保其中没有包含对您不利的条款，如无故扣款等。
- 如果发现协议中有不合理的条款，您可以与老板协商修改或拒绝签署。
二、投诉途径
向劳动监察部门投诉：
- 如果与老板的协商没有结果，您可以向当地的劳动监察部门投诉。
- 投诉时，需要提供相关证据，如工资条、银行转账记录、结清协议（如果已签署）等，以证明您被扣的工资数额和扣款的事实。
- 劳动监察部门会对此进行调查，并根据调查结果作出相应的处理。
申请劳动仲裁：
- 如果劳动监察部门的处理结果不能满足您的要求，或者您对处理结果有异议，您可以向当地的劳动仲裁委员会申请劳动仲裁。
- 劳动仲裁委员会会对此进行审理，并作出具有法律效力的裁决。
- 如果裁决结果支持您的诉求，老板需要按照裁决结果补发工资。
三、法律途径
提起民事诉讼：
- 如果劳动仲裁委员会的裁决结果仍然不能满足您的要求，或者您对裁决结果有异议，并且符合起诉条件，您可以向人民法院提起民事诉讼。
- 在诉讼过程中，您需要提供充分的证据来证明您被扣的工资数额和扣款的事实，以及老板扣款的违法性。
- 人民法院会对此进行审理，并作出具有法律效力的判决。
- 如果判决结果支持您的诉求，老板需要按照判决结果补发工资，并可能承担诉讼费用等额外责任。
注意法律时效：
- 在采取法律途径时，需要注意法律时效的问题。一般来说，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
- 因此，您需要在规定的时效期间内提起仲裁或诉讼，以免丧失维权的机会。
四、其他建议
保留证据：
- 在整个过程中，您需要保留好所有与工资和扣款相关的证据，如工资条、银行转账记录、结清协议（如果已签署）、与老板的沟通记录等。
- 这些证据将有助于您在协商、投诉或法律途径中证明自己的权益。
寻求法律援助：
- 如果您在处理这个问题时遇到困难或不确定如何操作，可以寻求法律援助或咨询专业律师（比如我）的意见。
- 律师可以为您提供专业的法律建议和帮助，确保您的权益得到最大程度的保护。
最后，要回被扣的工钱需要您采取积极的行动，并通过协商、投诉或法律途径来维护自己的权益。在整个过程中，保持冷静和理性，并保留好所有相关证据是非常重要的。如果您有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。