若您已被认定为工伤，但事故中部分伤情被认定为疾病而非工伤，您可以通过以下途径来维护自己的合法权益：

1. 核查工伤认定书内容：

   • 首先，仔细核对工伤认定书，确认哪些伤情被认定为工伤，哪些被认定为疾病。若对认定结果有异议，特别是认为某些疾病实则由工伤引发，应在收到认定书之日起60日内向作出认定决定的社会保险行政部门申请行政复议，或在6个月内直接向人民法院提起行政诉讼。

2. 收集并提交证据：

   • 收集能证明疾病与工伤之间存在直接因果关系的证据，如医疗记录、专家意见、事故现场照片等。这些证据对于证明疾病实则由工伤引发至关重要。
   • 向社会保险行政部门或法院提交这些证据，以支持您的主张。

3. 申请重新鉴定或复议：

   • 若认为工伤认定存在错误，可以申请重新鉴定或复议。在申请时，应详细说明理由，并提供充分的证据支持。
   • 重新鉴定或复议过程中，可能需要接受进一步的医学检查或评估，以确定伤情与疾病之间的真实关系。

4. 寻求法律援助：

   • 若在处理过程中遇到困难或不确定如何操作，可以寻求法律援助。作为专业律师，我可以为您提供详细的法律咨询和指导，帮助您更好地维护自己的权益。
   • 法律援助可能包括协助您准备复议或诉讼材料、代表您出庭等。

5. 关注后续赔偿事宜：

   • 即使部分伤情被认定为疾病，若能证明其与工伤有关，您仍有可能获得相应的赔偿。因此，在处理完工伤认定问题后，应关注后续的赔偿事宜。
   • 根据《工伤保险条例》及相关规定，工伤赔偿项目包括治疗工伤的医疗费用和康复费用、住院伙食补助费、到统筹地区以外就医的交通食宿费等。若疾病被认定为与工伤有关，您可能也有权获得这些赔偿。

在处理此类问题时，您需要注意以下几点：

• 及时行动：不要拖延时间，以免错过申请行政复议或提起行政诉讼的期限。
• 保留证据：妥善保管所有与工伤和疾病相关的医疗记录、照片、证人证言等证据。
• 专业指导：由于工伤认定和赔偿涉及复杂的法律程序和专业知识，建议寻求专业律师的指导。

若您在此过程中有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供详细的法律建议和指导。