相对不起诉的情况下，事业单位员工的工资能否补发需视具体情况而定。以下从不同角度为您详细分析：
一、公司或单位内部规章制度的影响
如果事业单位的内部规章制度明确规定，在员工相对不起诉的情况下应补发工资，那么通常应遵循此项规定。这是基于单位自主管理权的体现，也是对员工权益的一种保障。
二、相对不起诉的具体缘由及相关事实
非工作原因且无违规违纪行为：
- 如果相对不起诉的原因并非源于员工的本职工作，且员工在工作过程中并无任何违规违纪行为，那么员工有权要求补发工资。这是因为员工在正常履行工作职责期间，因非自身原因导致的法律程序（如被错误起诉）不应影响其工资待遇。
受到行政纪律处分或劳动教养、治安处罚：
- 根据相关法律规定，如果员工虽未受到劳动教养或治安处罚，但原所在单位给予了行政纪律处分，其羁押期间的工资由原所在单位酌情决定减发或不发。
- 如果员工受到劳动教养或治安处罚，其羁押期间的工资则不予补发。这是因为这些处罚措施本身已经对员工的行为进行了否定性评价，并可能伴随有经济上的惩罚。
三、补发工资的途径与建议
沟通协商：
- 如果事业单位拒绝补发工资，员工可先行与单位进行沟通协商，表达自己的诉求和理由。通过友好协商，有时可以达成双方都能接受的解决方案。
投诉与仲裁：
- 如果沟通协商无果，员工可向当地劳动监察部门进行投诉，或者提起劳动仲裁。劳动监察部门和劳动仲裁机构都有权对工资争议进行调查和处理，并保障员工的合法权益不受侵害。
四、法律依据与参考
- 根据《刑事诉讼法》的相关规定，检察院决定不起诉，说明被不起诉人要么不构成犯罪，要么依法不用追究刑事责任。但这并不直接决定工资能否补发，还需结合单位规章制度、具体缘由及相关事实进行综合判断。
- 此外，虽然直接针对事业单位的法规可能未明确提及相对不起诉情况下的工资补发问题，但可以参照企业职工的相关规定和原则进行类比处理。
建议：在处理此类问题时，员工应首先了解并熟悉单位的规章制度，明确自己的权益和义务。同时，保留好相关证据（如不起诉决定书、工作记录等），以便在需要时进行维权。如果遇到复杂或疑难问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况为您提供专业的法律建议。