在三方派遣关系中发生劳动争议申请仲裁时，原则上应同时将用人单位（实际用工单位）和劳务派遣单位列为共同被申请人。以下是对此问题的详细分析：

一、法律关系分析

根据《中华人民共和国劳动合同法》第五十八条：“劳务派遣单位是本法所称用人单位，应当履行用人单位对劳动者的义务。劳务派遣单位与被派遣劳动者订立的劳动合同，除应当载明本法第十七条规定的事项外，还应当载明被派遣劳动者的用工单位以及派遣期限、工作岗位等情况。” 以及第五十九条：“劳务派遣单位派遣劳动者应当与接受以劳务派遣形式用工的单位（以下称用工单位）订立劳务派遣协议。” 从这些规定可以看出，在劳务派遣关系中，存在两个主体对劳动者承担义务：

1. 劳务派遣单位：作为法律上的用人单位，与劳动者签订劳动合同，负责劳动者的工资支付、社会保险缴纳等法定义务。
2. 用工单位：即实际使用劳动者的单位，与劳务派遣单位签订劳务派遣协议，负责提供劳动条件、进行日常管理等。

二、仲裁被申请人的确定

在发生劳动争议时，由于劳务派遣单位和用工单位都可能与劳动者产生纠纷，且两者在劳动派遣关系中各自承担不同的责任和义务，因此，劳动者在申请仲裁时，原则上应同时将劳务派遣单位和用工单位列为共同被申请人。这样做的好处在于：

1. 全面维护权益：可以确保劳动者的所有诉求都能得到全面的审查和处理，避免因遗漏被申请人而导致部分权益无法得到保障。
2. 明确责任划分：在仲裁过程中，可以明确劳务派遣单位和用工单位各自应承担的责任和义务，便于仲裁机构作出公正的裁决。

三、特殊情况下的处理

虽然原则上应同时将劳务派遣单位和用工单位列为共同被申请人，但在某些特殊情况下，也可能只列其中一方为被申请人：

1. 如果争议仅涉及劳务派遣单位：例如，劳务派遣单位未按时支付工资、未缴纳社会保险等，此时劳动者可以只将劳务派遣单位列为被申请人。
2. 如果争议仅涉及用工单位：这种情况相对较少，但如果用工单位存在违反劳务派遣协议、侵害劳动者权益等行为，且劳务派遣单位对此并无过错或责任，劳动者也可以考虑只将用工单位列为被申请人。但需要注意的是，这种情况下的举证责任可能较重，劳动者需要提供充分的证据证明用工单位的违法行为。

四、建议与注意事项

1. 在申请仲裁前：劳动者应尽可能收集与争议相关的证据材料，如劳动合同、劳务派遣协议、工资单、社会保险缴纳记录等，以便在仲裁过程中证明自己的主张。
2. 在申请仲裁时：应明确列出所有可能的被申请人，并详细陈述争议的事实和理由。如果对被申请人的确定存在疑问或不确定，可以咨询专业律师或法律援助机构的意见。
3. 在仲裁过程中：应积极配合仲裁机构的调查和调解工作，如实陈述事实、提供证据材料，并尊重仲裁机构的裁决结果。

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