劳动关系终止三个月后申请劳动仲裁，是否能拿到补偿，需视具体情况而定。以下是从不同角度进行的分析：

一、劳动仲裁时效

首先，我们需要明确的是，劳动仲裁存在时效限制。根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。这意味着，如果劳动关系终止后，您在一年内申请劳动仲裁，那么您的申请在时效上是有效的。因此，劳动关系终止三个月后申请劳动仲裁，在时效上并未过期。

二、能否拿到补偿的关键因素

1. 劳动关系终止的原因：

   • 如果劳动关系终止是由于用人单位的过错（如未按时支付劳动报酬、未依法缴纳社会保险费等），且这些过错违反了法律法规的规定，那么您有权要求用人单位支付经济补偿。
   • 如果劳动关系终止是由于您的原因（如主动辞职、严重违反用人单位规章制度等），则可能无法获得经济补偿。

2. 补偿的法律依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位在某些情况下（如协商一致解除劳动合同、用人单位提出并经双方协商一致解除劳动合同、用人单位因经济原因裁员等）需要向劳动者支付经济补偿。
   • 经济补偿的标准通常根据劳动者在用人单位的工作年限和月工资来确定。

3. 证据的收集与提供：

   • 在申请劳动仲裁时，您需要提供充分的证据来证明您的主张，包括劳动关系终止的证明、用人单位过错的证据、您的工作年限和月工资等。
   • 如果无法提供充分的证据，可能会影响您的仲裁结果。

三、实际操作建议

1. 及时咨询专业律师：虽然我作为高慧颖律师可以为您提供法律咨询，但在实际操作中，每个案件的具体情况都有所不同。因此，我建议您在申请劳动仲裁前，及时咨询专业律师，以便更准确地了解您的权利和义务。

2. 准备充分的证据：在申请劳动仲裁前，您需要收集并整理与劳动关系终止相关的所有证据，包括劳动合同、工资单、解除劳动合同的通知等。这些证据将有助于您在仲裁过程中证明自己的主张。

3. 注意仲裁时效：虽然您的情况在时效上并未过期，但我还是要提醒您注意仲裁时效的限制。确保在知道或应当知道权利被侵害之日起一年内申请劳动仲裁。

总结来说，劳动关系终止三个月后申请劳动仲裁，在时效上并未过期。但能否拿到补偿，还需根据劳动关系终止的原因、补偿的法律依据以及您能否提供充分的证据来综合判断。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。