当员工在职业健康检查中被诊断为“职业禁忌证”时，用人单位需要依据《中华人民共和国职业病防治法》的相关规定来妥善处理。以下是对这一问题的详细解答：
一、职业禁忌证的定义与影响
职业禁忌证是指劳动者从事特定职业或者接触特定职业病危害因素时，比一般职业人群更易于遭受职业病危害和罹患职业病，或者可能导致原有自身疾病病情加重，或者在从事作业过程中诱发可能导致对他人生命健康构成危险的疾病的个人特殊生理或者病理状态。这种禁忌证是相对的，是针对某种特定的职业病危害因素而言。
二、用人单位的处理措施
调离原工作岗位： 一旦员工被诊断为职业禁忌证，用人单位应当立即将其调离原工作岗位，避免其继续接触可能引发职业病的危害因素。这是保障员工健康、防止职业病发生的重要措施。
妥善安置： 调离原岗位后，用人单位需要为员工提供合适的工作岗位，确保其能够继续工作并获得相应的劳动报酬。这既是对员工权益的保障，也是用人单位履行社会责任的体现。
组织职业健康检查： 用人单位应当按照国家规定组织上岗前、在岗期间和离岗时的职业健康检查，并将检查结果书面告知劳动者。这有助于及时发现员工的健康问题，并采取相应的措施进行干预和治疗。
三、特殊情况的处理
在某些情况下，员工被诊断为职业禁忌证后，经过治疗或其他处理，重新进行同种职业病危害因素的职业健康检查后，可能未发现职业禁忌证。此时，员工仍然可以继续从事该种职业病危害因素的作业。但这一过程需要严格遵循职业健康检查的程序和标准，确保员工的健康不受损害。
四、法律责任与处罚
如果用人单位未按照法律规定将有职业禁忌证的员工调离原工作岗位，或者安排其从事所禁忌的作业，将面临严重的法律后果。根据《中华人民共和国职业病防治法》的相关规定，用人单位可能被处以五万元以上三十万元以下的罚款；情节严重的，还可能被责令停止产生职业病危害的作业，或者提请有关人民政府按照国务院规定的权限责令关闭。
五、员工调岗的法律依据
对于有职业禁忌的员工调岗，应依据《中华人民共和国职业病防治法》而非《中华人民共和国劳动合同法》。即调岗不需要经过员工的同意，因为《中华人民共和国职业病防治法》是特别法，适用于有禁忌的员工调岗。这是为了保障员工的健康权益，防止其继续接触可能引发职业病的危害因素。
综上所述，当员工被诊断为职业禁忌证时，用人单位应当立即将其调离原工作岗位，并妥善安置。同时，用人单位需要严格遵守相关法律法规，确保员工的健康权益得到保障。