针对您提出的“店员拿营业执照办健康证时发现有传染疾病应如何处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，健康证是公共场所单位和餐饮服务单位从业人员必不可少的证件，它证明了受检者具备从业规定的健康素质，特别是针对传染性疾病的筛查，以确保从业人员不会将疾病传播给消费者。
当店员在办理健康证的过程中，如果被检测出患有传染性疾病（如肺结核病、传染性肝炎、重大肠道传染病和各类皮肤传染性疾病等），根据相关法律法规和健康证办理的规定，该店员将不能获得健康合格证明，即不能取得健康证。
处理步骤如下：
通知与复查：
- 体检机构在发现店员患有传染性疾病后，会及时通知店员本人及其所在单位。
- 店员应按照体检机构的建议进行复查或进一步治疗，以确保疾病得到妥善控制或治愈。
暂停上岗：
- 在店员未取得健康证之前，根据法律法规要求，其不得从事直接为产品和群众服务的岗位，以防止疾病传播。
- 店员所在单位应安排其暂时从事其他不涉及直接接触产品或群众的工作，或给予其必要的病假时间进行治疗。
治疗与康复：
- 店员应积极配合医生的治疗建议，按时服药、接受检查，并注意休息和饮食调整。
- 在疾病得到控制或治愈后，店员应重新进行健康体检，以确认其是否符合上岗的健康标准。
重新办理健康证：
- 店员在疾病治愈并确认符合健康标准后，可携带工作单位营业执照复印件及本人有效身份证原件，重新前往指定的体检机构办理健康证。
- 体检合格后，店员将获得新的健康合格证明，即可重新上岗。
额外建议：
- 店员所在单位应加强对员工的健康管理，定期组织员工进行健康体检，及时发现并处理潜在的健康问题。
- 单位应建立健全的健康管理制度，明确员工在健康方面的责任和义务，确保员工能够遵守相关法律法规和单位规定。
综上所述，当店员在办理健康证时发现有传染疾病时，应暂停上岗、积极治疗、康复后重新办理健康证，并加强健康管理和制度建设。希望这些解答能够对您有所帮助。如有其他疑问或需要进一步的帮助，请随时告知。