您好，关于员工拿店里的营业执照办理健康证是否需要支付费用的问题，这主要取决于当地的政策规定。不过，我可以先给您介绍一下一般情况下办理健康证所需的材料和可能涉及的费用情况。
首先，根据市卫生健康委的答复，办理健康证时，所有从业人员均需提供身份证原件或身份证电子证照。对于企业或经营、生产单位的从业人员，还需要提供营业执照原件或副本，或者加盖公章的营业执照复印件。
至于费用方面，很多地区为了鼓励从业人员进行健康检查，会提供免费办理健康证的服务。但具体是否免费，以及免费的具体条件（比如是否仅限于本地户籍、是否仅限于特定行业等），可能会因地区而异。
因此，我建议您：
咨询当地卫生健康部门：最直接的方式是联系您所在地的卫生健康委员会或相关办理机构，了解具体的政策规定和费用情况。
准备必要材料：无论是否需要支付费用，您都需要准备好身份证原件或电子证照，以及店里的营业执照原件或副本，或者加盖公章的复印件。
了解办理流程：在咨询时，也可以一并了解办理健康证的具体流程，包括需要去哪里办理、需要多长时间等，以便您更好地安排时间和计划。
希望这些信息能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。