招标中发现两家公司股东有关联，应首先判断其关联性质及程度，并根据相关法律法规采取相应措施。
一. 关联关系的界定
关联关系通常指的是公司控股股东、实际控制人、董事、监事、高级管理人员与其直接或者间接控制的企业之间的关系，以及可能导致公司利益转移的其他关系。在招标过程中，如果两家公司的股东存在直接控股关系或者管理关系，即单位负责人为同一人或者存在控股、管理关系，那么这两家公司之间的关联程度就较为紧密。
二. 法律法规的相关规定
根据《中华人民共和国招标投标法实施条例》第三十四条，单位负责人为同一人或者存在控股、管理关系的不同单位，不得参加同一标段投标或者未划分标段的同一招标项目投标。这一规定旨在防止利益冲突，确保招标的公正性。
三. 处理措施
资格审查
- 强化调查：招标人在资格审查阶段，应加强对投标企业之间关联关系的调查。除了要求投标企业自行申报是否存在控股关系外，还可以通过查询企业工商登记信息、股权结构信息等多种途径，全面了解投标企业的背景。
- 详细解释：对于存在疑似控股关系的企业，要求其提供详细的解释和证明材料，以确定是否存在对招投标公平性有影响的情况。
招标文件明确
- 禁止规定：在招标文件中，招标人可以明确规定禁止有控股关系的公司同时投标，并对违反规定的后果进行详细说明，如投标无效、没收投标保证金等。这样可以从源头上对可能出现的不正当投标行为进行警示。
评标过程关注
- 协同投标迹象：在评标过程中，评标委员会需要关注投标文件中是否存在关联企业协同投标的迹象。例如，对比不同投标文件的技术方案、商务条款等内容，如果发现相似度极高或者存在不合理的相似之处，应进一步调查是否是由于控股关系导致的不正当行为。
四. 生活实例
- 例如，在某市政工程的招标中，有两家公司A和B同时参与投标。经过资格审查发现，A公司的控股股东同时也是B公司的大股东，且两家公司在业务上存在一定的重叠。根据相关法律法规和招标文件的规定，这两家公司不得同时参与同一标段的投标。最终，招标人要求其中一家公司退出投标，确保了招标的公正性。
五. 总结与建议
在招标过程中发现两家公司股东有关联时，招标人应严格按照相关法律法规和招标文件的规定进行处理。通过强化资格审查、在招标文件中明确规定禁止条款以及在评标过程中关注协同投标迹象等措施，可以有效防止利益冲突和不正当竞争行为的发生。如有进一步需要，您可以继续咨询我。