在开标时若发现有两家股权有关联的公司参与投标，需根据关联关系的性质及招标文件的具体规定来处理，核心原则是确保投标过程的公平性和竞争性。以下分情况详细说明：

1. 若招标文件明确禁止关联公司同时投标
   若招标文件中已明确规定“存在股权关联、管理关系或其他可能影响公平竞争关系的公司不得同时参与同一标段投标”，则这两家公司的投标均应被视为无效。此时需按以下步骤处理：

   • 现场记录：开标记录中应明确标注两家公司的关联关系及招标文件依据；
     
   • 通知澄清：可要求两家公司书面说明关联关系是否影响投标独立性，但通常招标文件已预设处理规则，此步骤非必需；
     
   • 否决投标：直接依据招标文件条款否决两家公司的投标，剩余有效投标不足3家时需重新招标（政府采购项目）或按招标文件约定处理（企业招标）。

2. 若招标文件未明确禁止但关联关系可能影响公平性
   若招标文件未规定关联公司投标限制，但两家公司的关联关系可能影响公平竞争（如控股股东相同、实际控制人一致等），需结合《招标投标法》及实施条例判断：

   • 法律原则：根据《招标投标法实施条例》第三十四条，与招标人存在利害关系可能影响招标公正性的法人、其他组织或个人，不得参加投标。若关联公司被认定“可能影响公正性”，则其投标无效；
     
   • 举证责任：通常需由其他投标人或招标人举证关联关系影响公平性，例如证明两家公司存在串标行为、技术方案高度雷同等；
     
   • 处理方式：若证据充分，可否决两家公司投标；若证据不足，需继续评审，但需在评标报告中记录关联关系情况。

3. 若关联关系不影响公平性且招标文件允许
   若两家公司的关联关系属于正常商业合作（如参股但无控制关系、同一集团下属独立子公司等），且招标文件未禁止，则其投标有效。但需注意：

   • 避免围标串标：评标委员会需重点审查两家公司的投标文件是否存在异常一致（如报价呈规律性差异、技术方案完全相同等），防止通过关联关系操纵投标；
     
   • 信息披露义务：两家公司需在投标文件中主动披露关联关系，未披露的可能被认定为隐瞒重要信息，导致投标被否决。

实务建议：

• 对招标人：建议在招标文件中明确关联公司投标限制条款（如“同一集团下属子公司仅允许一家参与投标”），并要求投标人签署《无关联关系承诺书》；
  
• 对投标人：若存在关联关系，需提前评估是否符合招标文件要求，避免因关联问题被否决投标或承担法律责任；
  
• 对评标委员会：发现关联关系时，应暂停评审并要求招标人确认处理方式，确保程序合法合规。

如有具体案例或招标文件条款需要分析，可直接向我咨询，我会结合细节进一步解答。