在处理控股关系的单位同时参加投标的问题时，我们首先要明确的是，相关法律法规对此有严格的规定，旨在保证招标活动的公平性和公正性。
法规依据
《中华人民共和国招标投标法实施条例》第三十四条：
- 与招标人存在利害关系可能影响招标公正性的法人、其他组织或者个人，不得参加投标。
- 单位负责人为同一人或者存在控股、管理关系的不同单位，不得参加同一标段投标或者未划分标段的同一招标项目投标。
- 违反上述规定的，相关投标均无效。
《工程建设项目的货物招标投标办法》第三十二条：
- 法定代表人为同一个人的两个及两个以上法人，母公司、全资子公司及其控股公司，都不得在同一货物招标中同时投标。
《中华人民共和国公司法》第二百一十六条：
- 控股股东是指其出资额占有限责任公司资本总额百分之五十以上或者其持有的股份占股份有限公司股本总额百分之五十以上的股东。
- 出资额或者持有股份的比例虽然不足百分之五十，但依其出资额或者持有的股份所享有的表决权已足以对股东会、股东大会的决议产生重大影响的股东，也被视为控股股东。
处理方式
基于上述法规，当发现存在控股关系的两家或多家公司同时参与同一标段或同一未划分标段的招标项目投标时，应采取以下措施：
初步审查：
- 评标委员会在初步评审阶段应仔细审查投标人的股权结构和关联关系。
- 如发现存在控股关系，应立即将相关情况报告给招标方或监管部门。
否决投标：
- 根据法律法规，评标委员会应否决存在控股关系的单位的投标。
- 这一决定应明确记录在评标报告中，并作为招标过程的一部分存档。
公告与解释：
- 招标方或监管部门应向社会公告否决投标的原因，即存在控股关系违反了相关法律法规。
- 对于投标人的疑问或异议，应给予清晰、详细的解释和答复。
后续处理：
- 如发现已中标的单位之间存在控股关系，应依法取消其中标资格，并重新进行招标。
- 对于违反法律法规的投标人，应依法追究其责任，包括但不限于罚款、禁止参与未来招标等。
特殊情况处理
- 间接控股：对于间接控股的两家公司，是否构成禁止投标的理由需根据具体情况判断。一般而言，如果两家公司之间不存在直接的控制或管理关系，且没有证据表明它们能够协同对招标过程产生不公平影响，那么它们可能不被视为存在禁止性关系。然而，这需要根据具体法律法规和招标文件的规定进行细致分析。
综上所述，处理控股关系的单位同时参加投标的问题时，应严格遵循相关法律法规和招标文件的规定，确保招标活动的公平性和公正性。同时，对于特殊情况应进行深入分析并作出合理判断。