当在投标过程中发现有两家公司的股东存在关联时，这确实是一个需要谨慎处理的问题。以下是从合规性判断到处理措施的详细分析，希望能为您提供清晰的指导。

一、合规性判断

1. 是否构成关联关系：

   • 根据《中华人民共和国招标投标法实施条例》第三十四条，如果两家公司的单位负责人为同一人，或者存在控股、管理关系，那么它们不得参加同一标段的投标。股东相同且存在控股或管理关系，很可能被认定为关联企业，这样的同时投标通常是不符合规定的。
   • 举例来说，如果A公司持有B公司60%的股份，对B公司有控制权，那么A公司和B公司就属于存在控股关系的关联企业，不能参与同一项目的投标。

2. 招标文件的具体规定：

   • 仔细研读招标文件是至关重要的。招标文件中可能会明确规定关于投标人关联关系、股东相同等情况的处理方式。有些招标文件可能会禁止有关联关系的企业投标，或者对允许的情况设定了严格的条件和限制。
   • 例如，某大型工程项目的招标文件可能明确规定，具有直接或间接持股关系的两家及以上企业不得同时参与本项目投标，若有违反，将取消其投标资格并没收投标保证金。

二、处理措施

1. 若不符合规定：

   • 废标处理：一旦发现两家公司股东一样且不符合投标规定，招标方应按照相关规定，对这两家公司的投标文件作废标处理。这意味着这两家公司都将失去中标机会，并且可能面临投标保证金不予退还等后果。
   • 追究责任：对于故意隐瞒关联关系、提供虚假信息参与投标的公司，除了废标外，还可能面临行政处罚。相关监管部门可以对其进行罚款、警告等处罚，并将其不良行为记入信用档案。

2. 若符合规定或有特殊情况：

   • 正常评审：如果经过核实，两家公司虽然股东一样，但不存在控股、管理关系，且符合招标文件的要求，那么招标方应按照正常的评标程序对其进行评审。在评审过程中，要确保公平公正，不能因为股东相同而给予特殊待遇或歧视。
   • 补充说明与公示：为了避免引起不必要的争议和质疑，招标方可以要求这两家公司提供关于股东情况的详细说明，包括股东的持股比例、是否存在实际控制关系等，并在适当范围内进行公示。这样可以增加招投标活动的透明度，让其他投标人和社会公众了解真实情况。

综上所述，当在投标过程中发现有两家公司的股东存在关联时，应首先进行合规性判断，然后根据判断结果采取相应的处理措施。务必确保招投标活动的公平、公正和透明，维护所有投标人的合法权益。