核心结论：公司以多年前的违章行为“秋后算账”辞退员工，是否合法需结合具体情况判断，员工可通过法律途径维权。以下是具体分析：

1. 公司辞退的合法性需满足“时效性”与“严重性”双重标准

• 时效性：根据《劳动合同法》第三十九条，用人单位以“严重违反规章制度”为由解除劳动合同，需证明员工行为符合规章制度中明确的“严重违纪”情形，且该行为未超出合理追责期限。若公司规章制度未明确规定“违章行为”的追责时效（如“超过1年不再追责”），则需结合行业惯例、行为性质等综合判断。若违章行为已过去多年，公司未及时处理，可能被认定为“未及时行使管理权”，辞退行为可能被认定为违法。
• 严重性：即使行为未超时效，公司还需证明违章行为达到“严重违反规章制度”的程度。例如，轻微违章（如未佩戴工牌）与重大违章（如偷盗公司财物、严重违反安全操作规程导致事故）的后果截然不同。若公司无法证明违章行为对生产经营造成重大损害，辞退可能被认定为违法。

2. 公司需承担举证责任，程序需合法

• 举证责任：公司需提供充分证据证明员工存在违章行为（如监控录像、书面记录、证人证言等），且该行为符合规章制度中“严重违纪”的条款。若证据不足或规章制度未经过民主程序制定（如未经职工代表大会讨论）、未公示或未送达员工，辞退行为可能被认定为违法。
• 程序合法性：根据《劳动合同法》第四十三条，用人单位单方解除劳动合同，应当事先将理由通知工会。若公司未履行通知工会程序，即使实体理由成立，辞退行为也可能被认定为违法。

3. 员工维权路径

• 申请劳动仲裁：若公司辞退行为被认定为违法，员工可要求公司支付违法解除劳动合同的赔偿金（标准为经济补偿金的2倍，即工作每满1年支付2个月工资）。
• 主张继续履行合同：若员工希望继续工作，可要求仲裁或法院裁决公司撤销辞退决定，恢复劳动关系。
• 注意时效：劳动争议申请仲裁的时效为1年，自知道或应当知道权利被侵害之日起计算。员工需在辞退后1年内提起仲裁，否则可能丧失胜诉权。

4. 实务建议

• 收集证据：员工应保留与公司沟通的记录（如辞退通知、邮件、聊天记录等）、工资条、考勤记录、规章制度等证据，以证明公司辞退行为的违法性。
• 咨询专业意见：劳动争议案件涉及证据规则、程序要求等细节，建议员工在仲裁或诉讼前向我详细咨询，制定针对性策略。

总结：公司以多年前的违章行为辞退员工，是否合法需结合行为性质、追责时效、证据充分性及程序合法性综合判断。若公司行为违法，员工可通过劳动仲裁主张赔偿金或恢复劳动关系。如有具体案件细节，可进一步向我说明，我将为您提供详细分析。