核心结论：工程变更后超中标价，需根据变更原因、合同约定及法律规定，通过协商、补充协议、调整结算或法律途径解决。以下是具体分析：

1. 核查变更原因及合同约定

• 合法变更情形：若变更因设计优化、地质条件变化、政策调整等客观原因导致，且合同中明确约定了变更程序（如《建设工程施工合同（示范文本）》GF-2017-0201第10.4条），则超价部分可通过补充协议调整。
• 违约变更情形：若因发包人随意增加工程量、提高标准等主观原因导致，且超出合同约定范围，承包人可主张按实际成本结算，并要求发包人承担违约责任。

2. 合同有明确变更条款时的处理

• 程序合规性：若合同约定变更需经双方确认、签证或审批（如工程量清单外项目需发包人书面确认），则超价部分需按约定程序补签协议，否则可能被认定为无效变更。
• 价格调整机制：合同中若约定变更价款按定额、信息价或市场价调整，需按约定执行；若未约定，可参考《建设工程价款结算暂行办法》第14条，通过协商或鉴定确定价格。

3. 合同无明确条款时的处理

• 协商优先：双方可就超价部分协商签订补充协议，明确调整方式（如固定单价、总价包干或成本加酬金）。
• 法律推定规则：若协商不成，根据《民法典》第510条，可按合同相关条款或交易习惯确定；仍无法确定的，可申请司法鉴定，按实际成本加合理利润结算。

4. 超价部分的合法性审查

• 是否突破概算：若项目需政府审计，超价部分需经财政评审或审计部门确认，否则可能被核减。
• 是否违反招投标法：若变更导致实质性内容背离中标合同（如规模、标准、工期），可能涉嫌“黑白合同”，超价部分可能被认定无效。

5. 风险防范建议

• 变更前书面确认：承包人应在变更实施前要求发包人出具书面指令，避免口头变更。
• 及时办理签证：变更完成后，需按合同约定时间提交签证单，逾期可能丧失索赔权。
• 保留证据：包括变更通知、会议纪要、施工日志、材料采购凭证等，以备结算或诉讼使用。

提示：工程变更超价问题涉及合同、造价、审计等多领域，建议根据具体项目情况进一步分析。如有疑问，可直接向我咨询具体案例。