结论：在五天八小时工作制的公司上班，星期六星期天加班时若请假，是否会扣工资，这主要取决于公司的规章制度以及请假的原因和性质，不能一概而论。以下是从不同角度进行的分析：

1. 公司规章制度

• 合法合规的规章制度：如果公司的规章制度明确规定了加班请假的相关政策，并且这些政策符合国家法律法规的要求，那么是否扣工资将依据这些规章制度来执行。例如，有些公司可能规定，加班期间请假需提前申请，并经过批准，否则将视为旷工或扣除相应工资。
• 无明确规定或规定违法：如果公司的规章制度中没有明确规定加班请假的相关政策，或者规定的政策违反了国家法律法规（如无故扣除员工工资），那么这些规定将不具备法律效力。在这种情况下，公司不能随意扣除员工的工资。

2. 请假原因和性质

• 事假：如果员工因个人原因（如家庭事务、个人健康等）需要请假，并且这种请假被公司批准为事假，那么根据公司的规章制度，可能会扣除相应的工资。但扣除的工资数额应当合理，且不得违反国家法律法规关于最低工资标准的规定。
• 病假：如果员工因病需要请假，并且提供了有效的医疗证明，那么根据国家法律法规和公司的规章制度，员工通常有权享受病假工资或医疗期工资，公司不得随意扣除。
• 年假或其他法定假期：如果员工使用年假或其他法定假期进行请假，那么公司通常不得扣除工资。

3. 法律法规要求

• 最低工资标准：根据《中华人民共和国劳动法》和相关规定，公司支付给员工的工资不得低于当地最低工资标准。因此，即使员工在加班期间请假，公司扣除的工资也不得使员工的实际收入低于最低工资标准。
• 加班工资支付：如果员工在星期六星期天加班，并且符合支付加班工资的条件（如未安排补休），那么公司应当按照国家规定支付加班工资。在这种情况下，如果员工请假，公司是否扣除工资以及扣除的数额，应当考虑到加班工资的支付情况。

4. 实际操作建议

• 了解公司规章制度：在请假前，员工应当了解公司的规章制度，特别是关于加班请假的相关政策。
• 提前申请并获批：如果需要请假，员工应当提前向公司提出申请，并经过批准。这样可以避免因未经批准而请假被视为旷工或扣除工资的风险。
• 保留相关证据：如果员工因病需要请假，应当保留有效的医疗证明等相关证据，以备不时之需。
• 与公司协商：如果员工对公司的扣款决定有异议，可以与公司进行协商，寻求合理的解决方案。

总结与建议：在五天八小时工作制的公司上班，星期六星期天加班时若请假，是否会扣工资取决于公司的规章制度、请假的原因和性质以及国家法律法规的要求。因此，建议员工在请假前了解公司的相关政策，并提前申请并获批。如果有任何疑问或争议，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。