结论：周六请假公司是否扣工资，需根据具体情况判断，主要看周六上班是否属于加班以及公司规章制度是否合法合理。以下分情况详细说明：
一、周六上班属于加班的情况
法律依据：
- 根据《劳动法》第四十四条的规定，休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。这意味着，如果周六是休息日且公司安排了加班，同时又没有安排补休，那么公司应当支付加班费，而不是扣工资。
实际操作：
- 如果员工在周六加班后请假，且公司无法安排补休，那么公司应当按照法律规定支付加班费，而不是扣除员工工资。
- 如果公司试图以请假为由扣除员工工资，这可能构成违法行为，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
二、周六上班不属于加班的情况
公司规章制度：
- 如果公司规章制度中明确规定周六为正常工作日，并且这一规定不违反法律法规的强制性规定（如每日工作时间不超过8小时、每周工作时间不超过44小时等），那么周六上班可能不被视为加班。
- 在这种情况下，如果员工周六请假，公司可能会根据规章制度扣除相应的工资或事假天数对应的工资。但这种扣除必须合理，且不能违反法律法规的最低工资标准等规定。
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确约定了周六为工作日，并且员工在签订合同时已经知晓并同意这一条款，那么周六上班同样可能不被视为加班。
- 在这种情况下，员工周六请假，公司扣除工资的行为可能基于劳动合同的约定，但同样需要确保扣除的合理性和合法性。
三、特殊情况与建议
特殊工时制度：
- 如果公司实行的是不定时工作制或综合计算工时工作制等特殊工时制度，那么周六上班是否属于加班以及工资支付方式可能会有所不同。
- 在这种情况下，员工需要仔细了解公司的工时制度和工资支付规定，并确保自己的权益不受侵害。
建议与行动：
- 核实公司规章制度：员工应首先核实公司的规章制度和劳动合同中关于周六上班和请假扣除工资的规定。
- 与公司沟通：如果员工认为公司的扣除行为不合理或违法，可以与公司进行沟通协商，寻求解决方案。
- 寻求法律援助：如果沟通无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
总结：周六请假公司是否扣工资，取决于周六上班是否属于加班以及公司规章制度是否合法合理。员工应仔细了解相关法律法规和公司规章制度，确保自己的权益不受侵害。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。