结论：开发票与收款不一致时，能否签三方协议需分情况讨论，具体取决于不一致的原因、性质及协议目的。以下从法律合规性、协议效力、风险防范三个角度展开分析：

1. 法律合规性角度

若开发票与收款不一致是由于合法原因（如合同约定分期付款、折扣优惠、代收代付等），且三方协议能明确资金流向、发票开具方与收款方的权利义务关系，则协议具有合法性。
关键点：

• 协议需明确约定“发票金额与实际收款金额不一致的原因”（如附条件折扣、分期付款等）；
  
• 需符合《发票管理办法》中“发票内容应与实际经营业务一致”的要求，避免虚开发票；
  
• 若涉及税务申报，需确保三方协议内容与税务处理一致（如代开发票需有合法委托手续）。
  

反例：若为逃避税收、虚构交易等非法目的，即使签订三方协议，也可能因违反《税收征收管理法》《刑法》中虚开发票罪等规定而被认定无效。

2. 协议效力角度

三方协议的效力取决于是否违反法律强制性规定及是否损害第三方利益：

• 有效情形：协议内容真实、合法，且三方意思表示一致（如A公司向B公司销售货物，委托C公司代收款项并开具发票，协议明确三方权利义务）；
  
• 无效情形：协议内容涉及虚假交易、恶意串通损害国家利益（如通过“阴阳合同”偷逃税款），或违反公序良俗（如赌博债务代付）。
  

提示：建议协议中增加“声明与保证条款”，明确各方承诺交易真实、合法，避免因内容瑕疵导致协议无效。

3. 风险防范角度

即使法律允许签订三方协议，仍需注意以下风险：

• 税务风险：若发票金额与收款金额长期不一致，可能被税务机关认定为“价外费用未申报”或“虚开发票”，引发补税、罚款甚至刑事责任；
  
• 合同纠纷：若协议未明确约定不一致的处理方式（如多开发票是否需退还、少收款是否需补足），可能引发三方互相追责；
  
• 证据留存：建议保留交易凭证（如送货单、付款记录）、协议原件及沟通记录，以备税务检查或诉讼时举证。
  

操作建议：

1. 在协议中明确“发票金额与实际收款金额不一致的具体情形及处理规则”；
   
2. 涉及税务问题时，提前咨询税务机关或专业税务律师，确保合规；
   
3. 定期核对账目，避免因金额不一致导致财务混乱。
   

总结：开发票与收款不一致时，可签订三方协议，但必须确保交易真实、合法，协议内容明确，且符合税务规定。若您有具体交易场景或协议草案，可进一步向我咨询，我会结合细节为您分析风险点。