员工在职但已经到期的合同，不可以不保存。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、法律要求角度

根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位对已经解除或者终止的劳动合同的文本，至少需要保存二年备查。这一规定并未明确区分合同是否到期，而是统一要求用人单位保存已解除或终止的劳动合同文本。虽然法律未直接规定在职但已到期合同的保存期限，但从劳动合同管理的连续性和完整性角度出发，以及为了应对可能的劳动争议或法律纠纷，用人单位应当妥善保存所有劳动合同，包括在职但已到期的合同。

二、劳动争议处理角度

在职但已到期的合同，虽然员工仍在岗，但合同已经失去了其原有的法律效力（除非双方续签）。然而，这份合同仍然是证明员工与用人单位之间劳动关系存在的重要证据。在劳动争议处理过程中，如工资纠纷、加班费争议、解雇争议等，这份合同可能作为关键证据被使用。如果用人单位未能妥善保存这份合同，可能会在劳动争议处理中处于不利地位。

三、企业管理角度

从企业管理的角度来看，保存所有劳动合同（包括在职但已到期的合同）有助于企业更好地管理员工关系、维护企业秩序。通过保存这些合同，企业可以清晰地了解每位员工的入职时间、职位、薪资等关键信息，为企业的决策提供有力支持。同时，这也是企业合规管理的重要一环，有助于避免因合同管理不善而引发的法律风险。

四、实际操作建议

1. 建立完善的合同管理制度：用人单位应建立完善的合同管理制度，明确合同的签订、履行、变更、解除和终止等各个环节的管理要求和流程。
2. 妥善保存合同文本：用人单位应指定专人负责合同的保存工作，确保合同文本的安全、完整和可追溯性。对于在职但已到期的合同，也应按照相同的要求进行保存。
3. 定期进行合同审查：用人单位应定期对保存的合同进行审查，确保合同的合法性和有效性。对于存在问题的合同，应及时进行整改或处理。

综上所述，员工在职但已经到期的合同不可以不保存。用人单位应从法律要求、劳动争议处理、企业管理等多个角度出发，妥善保存所有劳动合同文本，以维护自身的合法权益和避免不必要的法律风险。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。