其它公司支付股份经济合作社招标的代理费是合法的，但前提是招标人、招标代理机构与投标人（在此情境下为其它公司）之间有明确的约定，并且该约定不违反法律法规的强制性规定。以下是对此问题的详细分析：

一. 招标代理费的支付责任

根据《中华人民共和国招标投标法》第十二条的规定，招标人有权自行选择招标代理机构，并委托其办理招标事宜。这意味着招标人通常负责支付招标代理费。然而，《招标代理服务收费管理暂行办法》（计价格[2002]1980号，后经多次修改）及后续相关通知明确，招标代理服务费用应由招标人支付，但招标人、招标代理机构与投标人另有约定的，从其约定。

二. 约定支付的合法性

1. 法律允许约定支付：如上所述，法律法规允许招标人、招标代理机构与投标人之间就招标代理费的支付方式进行约定。只要这种约定是各方自愿、平等协商的结果，且不违反法律法规的强制性规定，就是合法的。

2. 实践中的常见做法：在实际操作中，由中标单位（或其它公司）支付招标代理费的情况并不罕见。这种做法可能是基于招标人、招标代理机构与投标人之间的某种商业安排或考虑。

三. 合规性要求

• 明确约定：如果约定由其它公司支付招标代理费，必须在招标文件、合同或相关协议中明确说明，并确保所有相关方对此有清晰的了解。

• 不违反强制性规定：任何约定都不能违反法律法规的强制性规定。例如，不能通过约定损害国家利益、社会公共利益或第三人的合法权益。

四. 生活实例

• 例如，在某股份经济合作社的招标项目中，招标文件可能明确规定招标代理费由中标单位支付。在这种情况下，如果某公司中标并同意支付招标代理费，那么这种做法就是合法的。

我的观点：其它公司支付股份经济合作社招标的代理费在法律法规允许的范围内是合法的，但前提是必须有明确的约定，并且该约定不违反法律法规的强制性规定。在实际操作中，建议各方在招标文件中明确代理费的支付方式，以避免后续纠纷。如有进一步需要，您可以继续咨询我。