是的，用人单位在申请工伤认定时，如果对工伤认定申请有异议，社会保险行政部门会向用人单位发出限期举证通知书。

具体来说，当受伤害职工或者其近亲属认为是工伤，而用人单位不认为是工伤时，根据《工伤保险条例》第十九条第二款及《工伤认定办法》第十七条的规定，用人单位需要承担举证责任。这意味着，如果用人单位对申请人提出的工伤认定申请不予认可，或者对申请人的工伤认定申请所依据的事实存在异议，那么用人单位有义务提供证据来加以证明。

社会保险行政部门在受理工伤认定申请后，会向用人单位发出限期举证通知书，要求用人单位在规定的时间内提交举证证据。这个期限通常是20日，但如果在举证期限内提交证据确有困难，用人单位可以在举证期限内向社会保险行政部门申请延期举证，经准许后可以适当延长举证期限。

如果用人单位在规定时限内无正当理由不提供证据，或者未在举证期限内提交证据且未申请延期，那么社会保险行政部门可以根据职工或者其近亲属、工会组织以及相关部门提供的证据，或者通过调查核实取得的证据，依法作出工伤认定决定。在这种情况下，如果用人单位未能提供有效证据，可能会承担不利的法律后果。

因此，对于用人单位来说，在收到限期举证通知书后，应当认真对待，及时收集和提交相关证据，以维护自身的合法权益。同时，用人单位也应当确保法律文书的送达地址和联系方式准确无误，以免因地址或联系方式变动而导致文书无法送达，从而承担不必要的责任。