结论：员工补偿款通过银行代发时，财务在操作上可以不选择“工资”类别，但需根据补偿款性质选择正确的会计科目和税务处理方式，否则可能引发合规风险。以下从法律、财务、税务三个角度展开分析：

1. 法律合规性角度

根据《劳动合同法》及《工资支付暂行规定》，员工补偿款（如经济补偿金、赔偿金等）与工资属于不同性质的法律概念。

• 工资：是劳动者提供劳动的对价，需按月支付并纳入个人所得税“工资薪金”项目计税。
  
• 补偿款：是因劳动关系解除或终止而支付的补偿，通常按工作年限计算（如每满一年支付一个月工资），其性质属于“一次性补偿收入”。
  法律风险：若将补偿款错误归类为工资，可能被认定为未依法支付补偿，或导致税务申报错误（如多缴/少缴个税），甚至引发劳动争议。

2. 财务处理角度

财务在代发补偿款时，需根据款项性质选择正确的会计科目：

• 工资科目：仅适用于日常劳动报酬，需通过“应付职工薪酬-工资”核算。
  
• 补偿款科目：应通过“应付职工薪酬-辞退福利”或“营业外支出”等科目核算，以区分工资与补偿。
  操作建议：银行代发时，可在转账备注中明确款项性质（如“经济补偿金”），并保留解除劳动合同协议、补偿计算表等凭证，以证明款项合法性。

3. 税务处理角度

补偿款的税务处理与工资不同，需关注以下要点：

• 个人所得税：根据财税〔2018〕164号文，个人与用人单位解除劳动关系取得的一次性补偿收入，在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个税；超过部分按“工资薪金”项目计税。
  
• 企业所得税：企业支付的补偿款可在税前扣除，但需提供合法凭证（如解除协议、支付记录等）。
  税务风险：若将补偿款误归为工资，可能导致企业多扣个税（需为员工办理退税）或少扣个税（面临补税及滞纳金风险）。

总结建议

财务在代发员工补偿款时，可以不选择“工资”类别，但需确保：

1. 会计科目选择与款项性质一致；
   
2. 税务处理符合个税及企业所得税规定；
   
3. 保留完整的解除劳动关系证明及补偿计算依据。
   

如有具体案例或操作疑问，可进一步提供细节，我将结合实务经验为您详细解答。