关于虚开增值税专用发票中追缴违法所得的金额认定问题，这是一个涉及税务法律和司法实践的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：

一、虚开增值税专用发票的基本概念

在正常的商品购销活动中，甲方向乙方开具增值税专用发票，意味着乙方不仅支付了货款，还支付了相应的增值税款。甲方需据此发票计算销项税额，并向税务机关交纳。乙方若为一般纳税人，可凭此发票抵扣进项税额；若为小规模纳税人，则不能抵扣。虚开增值税专用发票，则是指无实际货物交易或应税劳务，而开具或接受开具的增值税专用发票，用于非法抵扣税款或骗取出口退税等行为。

二、违法所得金额的认定原则

在虚开增值税专用发票的案件中，违法所得金额的认定主要遵循以下原则：

1. 实际抵扣税款原则：

   • 对于只给他人虚开销项增值税专用发票，受票单位利用虚开的发票抵扣税款的，或者让他人为自己虚开进项增值税专用发票用于正常经营抵扣的，一般只计算销项或进项中实际抵扣的税款作为给国家利益造成的损失。

2. 无实际经营活动的特殊处理：

   • 对于无生产、销售经营活动的行为人，在为他人虚开销项增值税专用发票后，又让他人为自己虚开进项增值税专用发票以掩盖事实的，应以查实的销项增值税中被实际抵扣部分作为给国家利益造成的损失。因为这种行为的真正危害在于虚开的发票被受票单位或个人用于正常经营时向税务机关抵扣税款，导致国家税款流失。

3. 进项与销项均虚开的情况：

   • 在进项和销项都是虚开的情况下，为了掩盖虚开事实而让他人为自己虚开进项增值税专用发票的，不论进项是否申报抵扣，一般只按照其所开出销项发票的受票人向税务机关申报并抵扣的税款数额作为其给国家造成的实际经济损失。

4. 正常经营与虚开行为的区分：

   • 如果行为人自己正常经营，让别人为自己虚开了进项以后，既为自己的正常经营抵扣税款，又掩盖其为他人虚开的事实，那么需要分两部分计算损失：一是自己正常经营抵扣的进项发票的税款，二是虚开给别人的销项发票被别人抵扣的税款。

三、立案追诉标准

根据相关法律法规，虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票，虚开的税款数额在十万元以上或者造成国家税款损失数额在五万元以上的，应予立案追诉。

四、实际案例与司法实践

在司法实践中，法院在认定虚开增值税专用发票犯罪给国家利益所造成的损失时，会综合考虑行为人的虚开行为、实际抵扣税款情况、以及行为人向税务机关预缴的税款和行为人及其家属向国家退赔的款项等因素。这些因素都会从实际被非法抵扣的税款中予以扣除，以准确计算违法所得金额。

五、建议与注意事项

1. 遵守法律法规：企业和个人应严格遵守税收法律法规，避免参与虚开增值税专用发票等违法行为。
2. 加强内部管理：企业应建立健全内部财务管理制度，确保发票开具和使用的合法性和真实性。
3. 及时咨询专业人士：对于涉及税务法律的问题，建议及时咨询专业税务律师或会计师，以获取准确和专业的法律意见。

综上所述，虚开增值税专用发票中追缴违法所得的金额认定是一个复杂而细致的过程，需要综合考虑多种因素。希望以上解答能够对您有所帮助。如有任何进一步的问题或疑虑，请随时咨询。