关于虚开增值税专用发票罪中“违法所得”的认定，这是一个涉及税法、刑法以及相关司法解释的复杂问题。以下是对此问题的详细解答：
一、虚开增值税专用发票罪的基本概述
虚开增值税专用发票罪，根据《中华人民共和国刑法》第二百零五条的规定，明确指出了四种行为模式，包括为他人虚开、为自己虚开、让他人为自己虚开、介绍他人虚开，并对应了相应的量刑标准。此罪行不仅涉及复杂的税法知识，还紧密关联着刑事法律责任。
二、“违法所得”的认定
在虚开增值税专用发票罪中，“违法所得”的认定主要关注以下几个方面：
实际抵扣的税款：
- 在司法实践中，只给他人虚开销项增值税专用发票，受票单位利用虚开的增值税专用发票抵扣税款的，或者让他人为自己虚开进项增值税专用发票，自己用于正常经营中的抵扣税款的，一般只应计算销项或进项中实际抵扣的税款作为给国家利益造成的损失。
虚开行为的本质：
- 虚开增值税专用发票犯罪行为的真正危害，在于虚开的增值税专用发票被受票单位或个人用在正常经营时向税务机关抵扣税款而自己可以不缴税。因此，行为人为他人虚开销项增值税专用发票以后，受票单位用这些虚开的增值税专用发票去抵扣应缴的税款，这才是给国家造成的真正损失。
特殊情形的处理：
- 对于一些无生产、销售经营活动的行为人在为他人虚开销项增值税专用发票以后，为了掩盖其向他人虚开的事实，又让他人为自己虚开进项增值税专用发票的情形，应以查实的销项增值税中被实际抵扣部分作为给国家利益造成的损失。
- 如果行为人自己正常经营，让别人为自己虚开了进项以后，既为自己的正常经营抵扣税款，又掩盖其为他人虚开的事实，那么就要分两部分计算，即把自己正常经营抵扣的进项发票的税款再加上虚开给别人的销项发票被别人抵扣的税款，作为其给国家利益造成的损失。
预缴税款和退赔款项的扣除：
- 在认定虚开增值税专用发票犯罪给国家利益所造成的损失时，对于行为人为领取增值税专用发票向税务机关预缴的税款和行为人及其家属向国家退赔的款项，应从实际被非法抵扣的税款中予以扣除。
三、法律依据
- 《中华人民共和国刑法》第二百零五条及相关司法解释，如《最高人民法院关于虚开增值税专用发票定罪量刑标准有关问题的通知》、《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（二）》等，为虚开增值税专用发票罪的认定提供了明确的法律依据。
四、综合建议
- 对于企业和个人而言，应严格遵守税收法律法规，建立健全财务管理制度，防范因无知或疏忽而触犯法律红线。
- 对于涉嫌虚开增值税专用发票的行为，应积极配合司法机关的调查取证工作，以维护自身合法权益和社会经济秩序的稳定。
综上所述，虚开增值税专用发票罪中“违法所得”的认定是一个复杂而细致的过程，需要综合考虑多种因素，并严格遵循相关法律法规及司法解释的规定。