公司内部不正当关系能否成为开除员工的理由，需视具体情况及公司规章制度而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 公司规章制度的角度

• 规章制度合法性：首先，公司的规章制度必须合法有效，即制定程序合法（如经过民主程序制定、公示或告知员工等），且内容不违反法律法规的强制性规定。如果规章制度中明确规定了员工存在不正当关系（如与同事发生不正当性关系，且该行为违反了公司的道德准则或职业操守）属于严重违反公司规章制度的行为，公司有权依据此规定开除员工。
• 规章制度具体性：规章制度应具体明确，不能模糊不清。例如，应明确界定“不正当关系”的具体含义和范围，以及该行为达到何种程度构成严重违反规章制度。

2. 法律法规的角度

• 劳动合同法规定：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。但前提是规章制度必须合法且已向劳动者公示或告知。
• 公序良俗原则：虽然法律法规没有直接规定员工之间的不正当关系可以成为开除的理由，但如果该行为严重违反了公序良俗（如破坏家庭、影响工作氛围等），且公司规章制度中有相关规定，那么公司开除员工可能得到法律的支持。

3. 实际案例与司法实践

• 案例多样性：在实际案例中，法院或仲裁机构会综合考虑多种因素，如不正当关系的性质、影响程度、公司规章制度的具体内容等，来判断公司开除员工是否合法合理。
• 司法倾向：一般来说，如果员工的不正当关系确实严重影响了公司的正常运营秩序或损害了公司的利益，且公司规章制度中有明确规定，那么司法机构可能会支持公司的开除决定。

4. 建议与注意事项

• 完善规章制度：公司应制定合法、明确、具体的规章制度，并确保已向员工公示或告知。
• 收集证据：如果公司决定开除存在不正当关系的员工，应确保有充分的证据证明该员工的行为确实违反了公司规章制度。
• 合法程序：公司在开除员工时，应遵循合法的程序，如提前通知、听取员工申辩等。
• 咨询专业律师：由于每个案件的具体情况都不同，公司在处理此类问题时，建议咨询专业律师以确保合法合规。

举例说明：假设某公司规章制度中明确规定，员工之间不得发生不正当性关系，否则视为严重违反公司规章制度，公司有权解除劳动合同。现某员工与同事发生不正当性关系，且该行为在公司内部造成了不良影响。在此情况下，公司可以依据规章制度开除该员工，且该开除决定可能得到法律的支持。

总结：公司内部不正当关系能否成为开除员工的理由，需结合公司规章制度、法律法规以及实际案例进行综合判断。如果你或你所在的公司面临此类问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。