在借调期间，公司内部是否可以变更员工的工作部门，取决于借调协议的具体内容以及公司的相关规定。以下是对此问题的详细分析：

一、借调协议的影响

1. 协议内容：借调协议是明确借调期间双方权利和义务的重要文件。如果协议中明确规定了借调期间员工不得变更部门，或者变更部门需要满足特定条件（如双方协商一致、借调期满等），则公司需要遵守这些规定。
2. 协议变更：如果借调协议中没有明确禁止变更部门，或者双方愿意通过协商修改协议以允许变更部门，那么在理论上是可以进行部门变更的。但这种情况下，最好签订书面的补充协议，以明确变更后的权利和义务。

二、公司规定与内部政策

1. 公司规定：除了借调协议外，公司内部的规定和政策也可能对部门变更产生影响。例如，公司可能规定借调期间员工需保持原部门不变，或者变更部门需经过特定程序（如审批、考核等）。
2. 内部政策灵活性：不同公司的内部政策可能有所不同，有些公司可能更加灵活，允许在借调期间根据工作需要进行部门调整；而有些公司则可能更加严格，限制借调期间的部门变更。

三、实际操作中的考虑

1. 员工意愿：在考虑是否变更部门时，应充分尊重员工的意愿。如果员工不愿意变更部门，公司强行变更可能引发劳动纠纷。
2. 工作需要：部门变更应基于工作需要，确保变更后员工能够胜任新部门的工作，并且不会对公司的正常运营造成负面影响。
3. 沟通与协商：在决定变更部门前，公司应与员工进行充分的沟通和协商，确保双方对变更事项有清晰的认识和共识。

四、法律建议

1. 审查借调协议：在决定是否变更部门前，公司应仔细审查借调协议的内容，确保变更行为符合协议规定。
2. 遵守公司规定：同时，公司也应遵守内部的规定和政策，确保部门变更行为合法合规。
3. 保护员工权益：在变更部门过程中，公司应充分保护员工的合法权益，避免因变更行为引发劳动纠纷。

总结来看，公司内部跨部门借调期间是否可以变更部门并没有一个绝对的答案，而是取决于借调协议的具体内容、公司的相关规定以及实际操作中的考虑。如果你或你的公司面临此类问题，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供更准确的法律建议。