结论：单位实行十二小时工作制四天休息，但加班费只有800元是否合法，不能一概而论，需要结合具体的加班时长、工资基数以及当地法律法规来判断。
一、加班费的计算依据
根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，加班费通常按照以下标准计算：
- 工作日加班：支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬。
- 休息日加班：如果不能安排补休，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。
- 法定节假日加班：支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
二、十二小时工作制下的加班费计算
若单位实行的是十二小时工作制，且四天休息，那么员工可能存在工作日加班和休息日加班的情况。具体计算如下：
假设情况：
- 假设员工月工资为W元，日工资为W/21.75（按照月计薪天数21.75天计算）。
- 假设每月工作22天（四天休息，则工作26-4=22天，但考虑到十二小时工作制可能涉及的工作日和休息日加班，此处为简化计算），其中工作日加班X天，休息日加班Y天（X+Y≤22，且需考虑实际工作日和休息日的分布）。
- 加班费计算需根据实际加班时长（小时数）和工资基数进行。
加班费计算公式（以日工资为基数，假设每天工作12小时，其中4小时为加班）：
- 工作日加班费：\(X \times 4小时/天 \times (W/21.75/8小时) \times 150\%\)
- 休息日加班费（如不能安排补休）：\(Y \times 4小时/天 \times (W/21.75/8小时) \times 200\%\)
- 总加班费为上述两者之和。
具体判断：
- 若按照上述公式计算出的加班费远高于800元，则单位支付的800元加班费不合法。
- 若计算出的加班费接近或等于800元（这在实际中较为罕见，因为十二小时工作制下的加班费通常较高），则可能合法，但需进一步核实工资基数和加班时长。
三、需要考虑的其他因素
- 工资基数：加班费的计算基数通常是员工的正常工资，但需注意是否包含了奖金、津贴等。如果工资基数较低，可能导致加班费计算结果偏低。
- 当地最低工资标准：加班费不得低于当地最低工资标准的一定比例。如果计算出的加班费低于这一标准，则单位支付的加班费不合法。
- 合同约定：如果劳动合同中明确约定了加班费的计算方式和标准，且该约定不违反法律法规的强制性规定，则按照合同约定执行。
四、建议
- 核实工资基数和加班时长：员工应核实自己的工资基数和实际加班时长，以便准确计算加班费。
- 与单位协商：如果认为单位支付的加班费不合法，可以与单位进行协商，要求补发加班费。
- 寻求法律援助：如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助，维护自己的合法权益。
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