在双方对工程施工合同存在争议时，计价方式的计算需依据合同约定、法律规定及争议解决机制综合确定。具体处理方式如下：

1. 优先适用合同约定
   若合同中已明确约定计价方式（如固定总价、综合单价、成本加酬金等），且该条款不违反法律强制性规定，则应按合同约定执行。例如：

   • 固定总价合同：争议焦点通常为工程量增减是否超出合同范围，需结合变更签证、会议纪要等证据判断；
   • 可调价格合同：需按合同约定的调价公式（如材料价格波动、人工费调整等）重新核算。

2. 合同未约定或约定不明时的处理
   根据《民法典》第五百一十条，双方可协议补充；无法达成补充协议的，按合同相关条款或交易习惯确定。若仍无法解决，可参考以下规则：

   • 工程量争议：依据实际完成工程量计算，需通过现场勘验、第三方检测或造价鉴定确定；
   • 单价争议：参照合同类似项目单价或市场价，结合工程所在地定额标准；
   • 质量争议：若因质量问题导致返工或修复，相关费用应从工程款中扣除。

3. 第三方鉴定或评估
   若双方对计价方式无法达成一致，可共同委托或通过诉讼/仲裁程序指定造价咨询机构进行鉴定。鉴定内容通常包括：

   • 工程量核算；
   • 单价合理性分析；
   • 费用构成（如直接费、间接费、利润、税金等）的合规性审查。

4. 法律程序中的计价规则
   在诉讼或仲裁中，法院或仲裁庭可能依据以下原则裁决：

   • 公平原则：避免一方因计价争议获得不当利益；
   • 过错责任：若争议因一方违约导致，可能调整计价方式以弥补损失；
   • 行业惯例：参考工程所在地或同类工程的计价惯例。

建议：

• 争议发生后，双方应首先固定证据（如施工记录、变更通知、付款凭证等）；
• 避免单方面停工或拒付工程款，以免扩大损失；
• 及时通过协商、调解或法律程序解决，降低时间成本。

如有具体争议场景或合同条款，可进一步提供细节，我将结合实务经验为您分析。