公司规定员工一天可以吸烟两次，这一规定本身并不直接违法，但其合法性及执行效果需结合具体情境和法律规定来综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 公司规章制度的合法性

• 公司自主管理权：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位有权依法制定规章制度，以保障生产经营秩序和员工权益。因此，公司对吸烟时间、地点的限制属于其自主管理权的范畴。
• 合法性前提：公司规章制度需满足内容合法、程序民主、公示告知三个条件。若吸烟规定未违反法律法规（如未在禁烟区强制吸烟），且已通过民主程序制定并公示，则具有法律效力。

2. 吸烟行为的合法性边界

• 一般场所：在非禁烟区域（如公司指定的吸烟区），员工吸烟属于个人行为，不直接违反法律。
• 禁烟场所：若公司在禁烟区域（如加油站、易燃易爆品存放处）或明确禁止吸烟的场所（如办公室、生产车间）规定吸烟，则可能违反《公共场所卫生管理条例实施细则》等法规，甚至涉嫌危害公共安全。

3. 公司规定的执行效果

• 劳动纪律：若员工违反公司吸烟规定（如超次吸烟、在非吸烟区吸烟），公司可依据规章制度给予纪律处分（如警告、罚款、解除劳动合同）。但处分需符合比例原则，即与违规行为严重程度相当。
• 健康与效率：频繁吸烟可能影响员工健康和工作效率。公司可通过合理规定（如限制吸烟次数、时间）引导员工健康行为，但需避免过度干预员工私人生活。

4. 法律风险与建议

• 法律风险：若公司吸烟规定过于严苛（如完全禁止吸烟且无合理替代方案），可能引发员工抵触，甚至涉及劳动争议。此外，在禁烟区吸烟可能面临行政处罚或民事赔偿。
• 建议：
  1. 明确规定：公司应制定清晰的吸烟管理规定，明确吸烟区、时间、次数及违规后果。
  2. 合理设置：吸烟区应远离禁烟区域，配备消防设施，确保安全。
  3. 员工沟通：通过民主程序制定规定，并充分告知员工，减少执行阻力。
  4. 健康引导：鼓励员工减少吸烟，提供戒烟支持（如健康讲座、补贴）。

5. 特殊情形

• 地方性法规：部分城市（如北京、上海）出台了更严格的控烟条例，公司需遵守地方规定。例如，上海市《公共场所控制吸烟条例》规定，室内公共场所、室内工作场所、公共交通工具内禁止吸烟。
• 行业特殊要求：化工、矿山等高危行业可能对吸烟有更严格限制，公司需结合行业规范制定规定。

总结：公司规定员工一天吸烟两次，若符合法律法规、程序合法且执行合理，则不违法。但公司需平衡管理需求与员工权益，避免规定过于严苛或侵犯员工合法权益。如有具体争议，建议结合公司规定、地方性法规及实际情况进一步分析。