结论：公司不按照员工前12个月的平均工资来计算经济补偿，是否违法，需视具体情况而定。
一、经济补偿的计算依据
根据《劳动合同法》的相关规定，经济补偿的计算通常与员工在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资挂钩。具体来说，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。而这里的“月工资”正是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
二、公司不按前12个月平均工资计算的违法性分析
若公司故意降低计算基数：
- 如果公司故意不按照员工前12个月的平均工资来计算经济补偿，而是采用更低的基数，如基本工资、最低工资标准等，这种行为很可能是违法的。因为这样做会损害员工的合法权益，减少员工应得的经济补偿。
若存在合法理由调整计算基数：
- 在某些特殊情况下，公司可能因合法理由调整经济补偿的计算基数。例如，如果员工在离职前12个月内存在请假、病假等非正常出勤情况，导致其实际收入低于正常水平，公司可能会根据实际情况调整计算基数。但这种情况需要公司能够提供充分的证据来证明其调整的合理性。
若双方有特别约定：
- 如果双方在劳动合同或相关协议中明确约定了经济补偿的计算方式，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么公司应按照约定来计算经济补偿。在这种情况下，即使公司不按照前12个月的平均工资来计算，也不一定构成违法。
三、法律建议
核实计算基数：
- 员工在离职时，应仔细核实公司计算经济补偿的基数是否为自己前12个月的平均工资。如果发现公司计算有误，应及时与公司沟通并要求更正。
保留相关证据：
- 员工应保留好与经济补偿相关的所有证据，如工资条、银行流水、劳动合同等。这些证据在后续可能发生的劳动争议中至关重要。
寻求法律帮助：
- 如果员工与公司就经济补偿的计算问题无法达成一致，可以寻求法律帮助。作为专业律师，我可以为你提供详细的法律咨询和代理服务，帮助你维护自己的合法权益。
四、可能的法律后果
如果公司不按照法律法规的规定来计算经济补偿，员工有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付应得的经济补偿。如果仲裁结果对员工有利，而公司仍拒不履行，员工还可以向人民法院提起诉讼，要求公司承担相应的法律责任。
总结：公司不按照员工前12个月的平均工资来计算经济补偿是否违法，需根据具体情况来判断。如果你对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。