针对您提出的“协议书上写的‘此项目直接包干，不含增减项’，但实际施工中没有做到数量要退还款项”这一问题，以下是我的详细分析和建议：

1. 协议条款的解读：

   • “此项目直接包干，不含增减项”这一条款，通常意味着在合同约定的范围内，承包方需要完成全部工作，且合同价格不因工程量的增减而调整。然而，这并不意味着承包方可以随意减少工程量或降低工程质量。
   • 如果实际施工中没有做到约定的数量，这可能构成违约行为，具体取决于合同中的其他条款以及实际施工情况与合同约定的差异程度。

2. 退还款项的法律依据：

   • 在合同纠纷中，退还款项通常需要基于合同中的明确约定或法律规定的违约责任。如果合同中没有明确约定在未完成约定数量时应退还款项，那么这一要求可能缺乏直接的合同依据。
   • 然而，如果承包方的行为构成了根本违约（如严重违反合同约定，导致合同目的无法实现），那么发包方有权要求解除合同，并可能要求承包方退还已支付的款项或赔偿损失。

3. 实际施工中的考量：

   • 在实际施工中，工程量的变化可能由多种因素导致，如设计变更、现场条件变化等。如果这些变化是由于不可抗力或发包方的原因导致的，那么承包方可能不需要承担退还款项的责任。
   • 但如果工程量的减少是由于承包方自身的原因（如施工不当、管理不善等），那么发包方有权要求承包方承担相应的违约责任，包括退还款项或赔偿损失。

4. 法律建议：

   • 首先，您应仔细审查合同条款，特别是关于工程量、价格调整、违约责任等方面的约定，以确定双方的权利和义务。
   • 其次，收集并整理与实际施工情况相关的证据，如施工记录、变更通知、验收报告等，以证明承包方是否未完成约定的数量。
   • 最后，如果双方无法就退还款项的问题达成一致，您可以考虑通过法律途径解决纠纷，如向法院提起诉讼或申请仲裁。

5. 可能的法律后果：

   • 如果法院或仲裁机构认定承包方构成违约，并需要退还款项或赔偿损失，那么承包方将面临相应的法律后果。
   • 同时，这一纠纷也可能对双方的商业信誉和合作关系产生负面影响，因此建议双方在处理纠纷时保持冷静和理性，寻求妥善的解决方案。

综上所述，针对您提出的问题，需要综合考虑合同条款、实际施工情况以及相关法律法规来做出判断。如果您有进一步的疑问或需要具体的法律建议，请直接向我咨询。