总价包干工程量减少了不能扣款的原因，主要是因为总价包干合同的性质决定了工程价款的结算方式。
在总价包干合同中，双方约定了一个固定的总价，这个总价是基于预期的工程量来计算的。如果实际工程量减少了，但并未达到合同约定的可以调整价款的程度（如因设计变更导致的显著影响），那么价款通常是不会相应减少的。这是因为总价包干合同本身就包含了一定的风险承担，即无论工程量是增加还是减少，只要没有超出合同约定的调整范围，总价都是不变的。
具体来说：
合同约定的固定性：总价包干合同的核心特点就是价款的固定性。双方通过协商，已经对工程的总价达成了共识，并明确约定在合同中。因此，除非合同中有特别约定，否则工程量的小幅变化通常不会影响总价的支付。
风险承担：在总价包干合同中，承包方承担了一定的工程量风险。如果实际工程量少于预期，承包方需要自行承担这部分损失，而不能要求发包方扣款。同样，如果实际工程量多于预期，发包方也需要按照合同约定的总价支付，而不能要求承包方增加费用。
合同变更与调整：当然，如果工程量的变化是由于设计变更等合同约定的可调整因素导致的，并且这种变化对优惠因素产生了显著影响，那么双方可以协商调整合同价款。但这需要依据合同的具体约定，并且通常需要双方达成一致意见。
综上所述，总价包干工程量减少了不能扣款，主要是因为总价包干合同的固定性和风险承担特点所决定的。如果对此有疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。