结论：在包干合同中，图纸上无但清单上有的项目是否可以扣除，需根据合同的具体约定、双方的实际履行情况以及相关法律规定来综合判断。以下从不同角度进行分析：
合同约定优先：
- 如果包干合同中明确约定了“图纸与清单不一致时，以清单为准”或类似条款，那么即使图纸上没有该项目，清单上有的项目也应视为合同的一部分，通常不应随意扣除。
- 反之，如果合同中约定了“以图纸为准”或“图纸与清单需保持一致，不一致时以双方协商为准”等条款，那么对于图纸上无而清单上有的项目，双方应协商处理，可能涉及扣除或调整合同价款。
实际履行情况：
- 如果在实际履行过程中，双方已经按照清单上的项目进行了施工或提供了服务，且没有提出异议，那么可以视为双方对清单上的项目达成了共识，此时再主张扣除可能缺乏依据。
- 如果图纸上无的项目确实未施工或未提供服务，且双方对此有明确的认识和约定，那么根据实际情况，该项目价款可能应从合同总价中扣除。
法律规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》等相关法律规定，合同双方应遵循诚实信用原则，按照约定履行自己的义务。如果合同中没有明确约定或约定不明确，双方应协商补充；协商不成的，可以根据合同相关条款或者交易习惯确定。
- 在处理此类纠纷时，法院或仲裁机构也会考虑双方的实际履行情况、行业惯例以及公平原则等因素，来综合判断是否应扣除图纸上无而清单上有的项目价款。
建议：
- 对于此类问题，建议首先查阅包干合同的具体约定，明确双方的权利和义务。
- 如果合同中没有明确约定或约定不明确，建议双方协商补充协议或达成一致意见，以避免后续纠纷。
- 如果协商不成，可以寻求法律途径解决，如向法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁。在诉讼或仲裁过程中，应提供充分的证据来支持自己的主张，如合同文本、施工记录、沟通记录等。
可能后果：
- 如果未经协商或法律程序擅自扣除项目价款，可能构成违约行为，需要承担违约责任，如支付违约金、赔偿损失等。
- 如果双方能够协商一致或通过法律途径妥善解决纠纷，则可以避免不必要的损失和风险。
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