关于固定总价包干合同中，结算时施工部分能否扣除的问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：

首先，明确结论： 在固定总价包干合同中，结算时施工部分能否扣除，主要取决于合同的约定以及实际情况。一般来说，除非合同中有明确约定或存在特殊情形，否则施工部分通常不会单独扣除。

接下来，分析具体情况：

1. 合同约定优先：

   • 固定总价包干合同的核心是“固定总价”，即合同双方约定的总价是固定的，不因工程量的增减而改变。因此，除非合同中有明确约定在某些情况下可以扣除施工部分，否则不能随意扣除。
   • 如果合同中有关于扣除施工部分的明确条款，如因乙方原因导致部分工程未施工或施工质量不合格等，甲方有权扣除相应部分，那么结算时就可以按照合同约定进行扣除。

2. 特殊情形下的调整：

   • 尽管固定总价合同原则上价格、量的风险均由承包人承担，但在某些特殊情形下，如设计图纸发生重大变更、材料价格大幅上涨等，双方可以协商调整合同价格。这种调整通常需要通过双方协商一致，并签订补充协议来明确。
   • 在这些特殊情形下，如果施工部分确实因为外部因素（如设计变更、材料短缺等）而无法完成，且双方同意调整合同价格，那么施工部分可以相应扣除。

3. 法律层面的考量：

   • 从法律角度来看，固定总价合同是一种双方自愿达成的协议，双方应当遵守合同约定。如果合同中没有明确约定扣除施工部分的情况，那么甲方单方面扣除施工部分可能会构成违约行为。
   • 因此，在结算时，如果双方对扣除施工部分存在争议，应当通过协商、调解或诉讼等方式解决争议。

综上所述： 在固定总价包干合同中，结算时施工部分能否扣除需要依据合同约定和实际情况来判断。如果合同中有明确约定或存在特殊情形，双方可以协商调整合同价格并相应扣除施工部分。但如果没有明确约定或特殊情形，甲方不能单方面扣除施工部分。如有任何疑问或争议，建议双方及时沟通并寻求法律途径解决。