结论：合同中已约定综合单价大包干的情况下，劳务施工面积在结算时一般不能随意扣除，但具体能否扣除还需结合合同条款、实际履行情况以及相关法律规定综合判断。以下从不同角度进行分析：

一、合同条款的明确性

1. 合同明确约定不可扣除：

   • 如果合同中明确约定了综合单价大包干，且明确指出施工面积在结算时不得扣除或调整，那么双方应严格按照合同约定执行。在此情况下，发包方无权单方面扣除施工面积或调整结算金额。

2. 合同存在模糊或歧义：

   • 如果合同中的相关条款存在模糊或歧义，导致双方对施工面积是否可扣除产生争议，那么应根据《民法典》中关于合同解释的规定，结合合同目的、交易习惯以及诚实信用原则进行解释。在此情况下，可能需要通过协商、调解或诉讼等方式解决争议。

二、实际履行情况

1. 实际施工面积与合同约定一致：

   • 如果实际施工面积与合同约定一致，且没有发生合同约定的变更或调整情况，那么发包方无权扣除施工面积或调整结算金额。

2. 实际施工面积与合同约定不符：

   • 如果实际施工面积与合同约定不符，且这种不符是由于承包方的原因造成的（如施工错误、浪费材料等），那么发包方有权根据合同约定或法律规定扣除相应的施工面积或调整结算金额。
   • 如果实际施工面积与合同约定不符是由于发包方的原因造成的（如设计变更、增加工程量等），那么发包方应承担相应的责任，并按照实际施工面积进行结算。

三、相关法律规定

1. 《民法典》中关于合同履行的规定：

   • 根据《民法典》的相关规定，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。如果合同中明确约定了综合单价大包干且不得扣除施工面积，那么双方应严格按照合同约定执行。

2. 《民法典》中关于合同变更和解除的规定：

   • 如果双方协商一致或符合法律规定的情形，可以对合同进行变更或解除。但在此情况下，需要明确变更或解除的内容、方式以及责任承担等事项，并签订书面协议以避免争议。

四、建议与风险提示

1. 审查合同条款：

   • 在签订合同时，双方应仔细审查合同条款，确保合同条款明确、具体、无歧义。特别是关于综合单价大包干、施工面积结算等关键条款，应明确约定双方的权利和义务。

2. 保留相关证据：

   • 在合同履行过程中，双方应保留好与施工面积、工程量、结算金额等相关的证据材料。这些证据材料在发生争议时将起到至关重要的作用。

3. 及时沟通协商：

   • 如果双方对施工面积是否可扣除产生争议，应及时沟通协商，寻求解决方案。通过友好协商解决争议可以节省时间和成本，并维护双方的合作关系。

4. 寻求法律帮助：

   • 如果争议无法通过协商解决，双方可以寻求法律帮助。在此情况下，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。

如有具体法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。