针对您提出的“未经批准在水产种质资源保护区内从事工程建设怎么处理”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，在水产种质资源保护区内从事工程建设，必须严格遵守相关法律法规，并获得相应的批准。如果未经批准擅自进行工程建设，将构成违法行为，并可能面临相应的行政处罚。
具体来说，处理此类违法行为的流程通常包括以下几个步骤：
立案责任：
- 当相关部门发现未经批准在水产种质资源保护区内从事工程建设的违法行为时，会进行审查，并决定是否立案。
调查责任：
- 对于立案的案件，相关部门会指定专人负责，及时组织调查取证。
- 调查过程中，执法人员不得少于两人，且应出示执法证件，允许当事人辩解陈述。
- 执法人员还需保守有关秘密，确保调查的公正性和客观性。
审查责任：
- 相关部门会审理案件调查报告，对案件的违法事实、证据、调查取证程序、法律适用、处罚种类和幅度、当事人陈述和申辩理由等方面进行全面审查。
- 如果主要证据不足，相关部门会以适当的方式补充调查，以确保案件的准确性和公正性。
告知责任：
- 在作出行政处罚决定前，相关部门会制作《行政处罚告知书》送达当事人，告知其违法事实及享有的陈述、申辩等权利。
- 如果符合听证规定，还会制作《行政处罚听证告知书》，确保当事人的合法权益得到充分保障。
决定责任：
- 相关部门会制作行政处罚决定书，载明行政处罚告知、当事人陈述申辩或者听证情况等内容。
- 行政处罚决定书将作为对违法行为进行处罚的法律依据。
送达责任：
- 行政处罚决定书会按法律规定的方式送达当事人，确保其知晓并接受处罚决定。
执行责任：
- 当事人需依照生效的行政处罚决定执行处罚。
- 如果当事人逾期不履行行政处罚决定，相关部门将依法强制执行，以维护法律的权威性和严肃性。
此外，根据《水产种质资源保护区管理办法》的相关规定，在水产种质资源保护区内从事可能损害保护区功能的工程建设活动（如修建水利工程、疏浚航道等），必须按照国家有关规定编制建设项目对水产种质资源保护区的影响专题论证报告，并将其纳入环境影响评价报告书。这意味着，即使工程建设本身可能具有生态补水等正面效应，但如果位于水产种质资源保护区内或可能损害保护区功能，仍需严格遵守相关法律法规和程序要求。
综上所述，未经批准在水产种质资源保护区内从事工程建设将面临严格的行政处罚流程。因此，建议相关单位和个人在进行工程建设前务必充分了解并遵守相关法律法规和程序要求，以避免不必要的法律风险和经济损失。